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「B3 DNA結合ドメイン」の版間の差分

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{{Infobox protein family|Symbol=B3_domain|Name=B3 DNA結合ドメイン|image=B3Domain_1WID.png|width=|caption=RAV1におけるB3 DNA結合ドメイン|Pfam=PF02362|InterPro=IPR003340|SMART=|PROSITE=PS50863|SCOP=1wid|TCDB=|OPM family=|OPM protein=|CDD=cd10017}} '''B3 DNA結合ドメイン'''（B3 DNA binding domain）あるいは'''B3ドメイン'''（B3 domain）とは、[[DNA結合ドメイン]]の一つである。[[転写因子]]のみに見られ、現在までに40種以上の転写因子（ {{Pfam|PF02362}} ）にて発見されている。それら全ての遺伝子において、B3ドメインは他のドメイン（AP2 DNA結合ドメインなど）と共に[[保存配列|高度に保存]]されている(InterPro: IPR003340)。
{{Infobox protein family|Symbol=B3_domain|Name=B3 DNA結合ドメイン|image=B3Domain_1WID.png|width=|caption=RAV1におけるB3 DNA結合ドメイン|Pfam=PF02362|InterPro=IPR003340|SMART=|PROSITE=PS50863|SCOP=1wid|TCDB=|OPM family=|OPM protein=|CDD=cd10017}} '''B3 DNA結合ドメイン'''（B3 DNA binding domain）あるいは'''B3ドメイン'''（B3 domain）とは、[[DNA結合ドメイン]]の一つである。[[転写因子]]のみに見られ、現在までに40種以上の転写因子（ {{Pfam|PF02362}} ）にて発見されている。それら全ての遺伝子において、B3ドメインは他のドメイン（AP2 DNA結合ドメインなど）と共に[[保存配列|高度に保存]]されている(InterPro: IPR003340)。


B3ドメインは100-120[[アミノ酸]]残基で構成され、7つの[[Βシート|ベータストランド]]と2つの[[Αヘリックス|アルファヘリックス]]を含み、DNA結合性偽バレル構造を[[フォールディング]]により形成する（SCOP 117343）。この立体構造はDNAの主溝と相互作用することで、B3ドメインがDNAと結合することを可能にする<ref name="pmid15548737">{{Cite journal|year=2004|title=Solution Structure of the B3 DNA Binding Domain of the Arabidopsis Cold-Responsive Transcription Factor RAV1|journal=Plant Cell|volume=16|issue=12|pages=3448–59|DOI=10.1105/tpc.104.026112|PMID=15548737|PMC=535885}}</ref>。
B3ドメインは100-120[[アミノ酸]]残基で構成され、7つの[[Βシート|ベータストランド]]と2つの[[Αヘリックス|アルファヘリックス]]を含み、DNA結合性偽バレル構造を[[フォールディング]]により形成する（SCOP 117343）。この立体構造はDNAの主溝と相互作用することで、B3ドメインがDNAと結合することを可能にする<ref name="pmid15548737">{{Cite journal|year=2004|title=Solution Structure of the B3 DNA Binding Domain of the Arabidopsis Cold-Responsive Transcription Factor RAV1|journal=Plant Cell|volume=16|issue=12|pages=3448–59|doi=10.1105/tpc.104.026112|pmid=15548737|pmc=535885}}</ref>。


== B3ファミリー ==
== B3ファミリー ==
''[[シロイヌナズナ]]において''、B3ドメインを含む転写因子には3つの主要なファミリーがある： <ref name="pmid11118137">{{Cite journal|year=2000|title=Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes|journal=Science|volume=290|issue=5499|pages=2105–10|DOI=10.1126/science.290.5499.2105|PMID=11118137}}</ref>
''[[シロイヌナズナ]]において''、B3ドメインを含む転写因子には3つの主要なファミリーがある： <ref name="pmid11118137">{{Cite journal|year=2000|title=Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes|journal=Science|volume=290|issue=5499|pages=2105–10|doi=10.1126/science.290.5499.2105|pmid=11118137}}</ref>


* [[オーキシン応答因子|ARF]]（ [[オーキシン|'''A'''uxin]] '''R'''esponse '''F'''actor）
* [[オーキシン応答因子|ARF]]（ [[オーキシン|'''A'''uxin]] '''R'''esponse '''F'''actor）
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| 立体構造の解析方法
| 立体構造の解析方法
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| [[分子シミュレーション|分子モデル]]
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| NMR
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| 認識配列
| 認識配列
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== 関連タンパク質 ==
== 関連タンパク質 ==
[[制限酵素|エンド型制限酵素]][[EcoRII]]の[[N末端]]ドメイン。また、[[制限酵素|エンド型制限エンドヌクレアーゼ]] BfiIの[[C末端]]ドメインは、同様のDNA結合性擬似バレル構造を有している<ref name="pmid14659759">{{Cite journal|year=2004|title=Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold|journal=J. Mol. Biol.|volume=335|issue=1|pages=307–19|DOI=10.1016/j.jmb.2003.10.030|PMID=14659759}}</ref> <ref name="pmid16247004">{{Cite journal|year=2005|title=Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease|url=http://bib-pubdb1.desy.de/record/138680/files/2005_Grazulis_15797.pdf|journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.|volume=102|issue=44|pages=15797–802|DOI=10.1073/pnas.0507949102|PMID=16247004|PMC=1266039}}</ref>。
[[制限酵素|エンド型制限酵素]][[EcoRII]]の[[N末端]]ドメイン。また、[[制限酵素|エンド型制限エンドヌクレアーゼ]] BfiIの[[C末端]]ドメインは、同様のDNA結合性擬似バレル構造を有している<ref name="pmid14659759">{{Cite journal|year=2004|title=Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold|journal=J. Mol. Biol.|volume=335|issue=1|pages=307–19|doi=10.1016/j.jmb.2003.10.030|pmid=14659759}}</ref> <ref name="pmid16247004">{{Cite journal|year=2005|title=Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease|url=http://bib-pubdb1.desy.de/record/138680/files/2005_Grazulis_15797.pdf|journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.|volume=102|issue=44|pages=15797–802|doi=10.1073/pnas.0507949102|pmid=16247004|pmc=1266039}}</ref>。


== 脚注 ==
== 脚注 ==
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== 外部リンク ==
== 外部リンク ==


* [http://transcriptionfactor.org/ 転写因子のDNA結合ドメインのデータベース] {{Cite journal|year=2006|title=DBD: a transcription factor prediction database|journal=Nucleic Acids Res.|volume=34|issue=Database issue|pages=D74–81|DOI=10.1093/nar/gkj131|PMID=16381970|PMC=1347493}} Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes.
* [http://transcriptionfactor.org/ 転写因子のDNA結合ドメインのデータベース] {{Cite journal|year=2006|title=DBD: a transcription factor prediction database|journal=Nucleic Acids Res.|volume=34|issue=Database issue|pages=D74–81|doi=10.1093/nar/gkj131|pmid=16381970|pmc=1347493}} Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes.
* [http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html Transfac]データベースによる転写因子分類表。
* [http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html Transfac]データベースによる転写因子分類表。
* [https://web.archive.org/web/20160112180615/http://datf.cbi.pku.edu.cn/browsefamily.php?familyname=B3 シロイヌナズナ転写因子のデータベース]
* [https://web.archive.org/web/20160112180615/http://datf.cbi.pku.edu.cn/browsefamily.php?familyname=B3 シロイヌナズナ転写因子のデータベース]

2020年1月25日 (土) 18:36時点における最新版

B3 DNA結合ドメイン
RAV1におけるB3 DNA結合ドメイン
識別子
略号 B3_domain
Pfam PF02362
InterPro IPR003340
PROSITE PS50863
SCOP 1wid
SUPERFAMILY 1wid
CDD cd10017
利用可能な蛋白質構造:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum structure summary
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B3 DNA結合ドメイン（B3 DNA binding domain）あるいはB3ドメイン（B3 domain）とは、DNA結合ドメインの一つである。転写因子のみに見られ、現在までに40種以上の転写因子（ Pfam PF02362 ）にて発見されている。それら全ての遺伝子において、B3ドメインは他のドメイン（AP2 DNA結合ドメインなど）と共に高度に保存されている(InterPro: IPR003340)。

B3ドメインは100-120アミノ酸残基で構成され、7つのベータストランドと2つのアルファヘリックスを含み、DNA結合性偽バレル構造をフォールディングにより形成する（SCOP 117343）。この立体構造はDNAの主溝と相互作用することで、B3ドメインがDNAと結合することを可能にする[1]。

B3ファミリー[編集]

シロイヌナズナにおいて、B3ドメインを含む転写因子には3つの主要なファミリーがある： [2]

タンパク質 ARF1- B3 ABI3- B3 RAV1- B3
立体構造の解析方法 分子モデル [1] 分子モデル NMR
認識配列 TGTCTC [3] [4] CATGCA [5] [6] CACCTG [7]

PDB: 1WID​ [1]及びPDB: 1YEL​ [8]については、溶液NMRでの構造解析結果のみ判明している。

関連タンパク質[編集]

エンド型制限酵素EcoRIIのN末端ドメイン。また、エンド型制限エンドヌクレアーゼ BfiIのC末端ドメインは、同様のDNA結合性擬似バレル構造を有している[9] [10]。

脚注[編集]

  1. ^ a b c “Solution Structure of the B3 DNA Binding Domain of the Arabidopsis Cold-Responsive Transcription Factor RAV1”. Plant Cell 16 (12): 3448–59. (2004). doi:10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC535885/. 
  2. ^ “Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes”. Science 290 (5499): 2105–10. (2000). doi:10.1126/science.290.5499.2105. PMID 11118137. 
  3. ^ “ARF1, a transcription factor that binds to auxin response elements”. Science 276 (5320): 1865–8. (1997). doi:10.1126/science.276.5320.1865. PMID 9188533. 
  4. ^ “The Roles of Auxin Response Factor Domains in Auxin-Responsive Transcription”. Plant Cell 15 (2): 533–43. (2003). doi:10.1105/tpc.008417. PMC 141219. PMID 12566590. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC141219/. 
  5. ^ “The conserved B3 domain of VIVIPAROUS1 has a cooperative DNA binding activity”. Plant Cell 9 (5): 799–807. (1997). doi:10.1105/tpc.9.5.799. PMC 156957. PMID 9165754. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC156957/. 
  6. ^ “Transactivation of the Brassica napus napin promoter by ABI3 requires interaction of the conserved B2 and B3 domains of ABI3 with different cis-elements: B2 mediates activation through an ABRE, whereas B3 interacts with an RY/G-box”. Plant J. 24 (1): 57–66. (2000). doi:10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704. 
  7. ^ “RAV1, a novel DNA-binding protein, binds to bipartite recognition sequence through two distinct DNA-binding domains uniquely found in higher plants”. Nucleic Acids Res. 27 (2): 470–8. (1999). doi:10.1093/nar/27.2.470. PMC 148202. PMID 9862967. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC148202/. 
  8. ^ Waltner, J.K.; Peterson, F.C.; Lytle, B.L.; Volkman, B.F. (2005). “Structure of the B3 domain from Arabidopsis thaliana protein At1g16640”. Protein Sci 14 (9): 2478–83. doi:10.1110/ps.051606305. PMC 2253459. PMID 16081658. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2253459/. 
  9. ^ “Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold”. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. (2004). doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759. 
  10. ^ “Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (44): 15797–802. (2005). doi:10.1073/pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004. http://bib-pubdb1.desy.de/record/138680/files/2005_Grazulis_15797.pdf. 

外部リンク[編集]

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