グローバル・オーシャン・サンプリング・エクスペディション
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グローバル・オーシャン・サンプリング・エクスペディション（英語: Global Ocean Sampling Expedition、GOS）とは海洋微生物群集の遺伝的多様性を解析を行い、自然の根本的なプロセスにおけるそれらの役目を解明することを目的とする海洋探査ゲノムプロジェクトである。2003年8月にサルガッソ海で試験的な採取が行われ、2004年3月4日、クレイグ・ヴェンターより正式な探査が発表された[要出典]。ヴェンターが所有するヨットが使用され、カナダのハリファックスからスタートし、地球を一周して2006年1月にアメリカ合衆国に帰還した。この2年間の航海探査でノバスコシア州ハリファックスから太平洋東部熱帯地帯までの水を採取した。2007年の間も北米西海岸で採取が継続された。
データ解析
[編集]GOSデータセットはNCBI[1]とJ・クレイグ・ヴェンター研究所(JCVI)が設立しゴードン・アンド・ベティ・ムーア財団が出資した海洋メタゲノミクスの新しいオンラインリソースであるCommunity Cyberinfrastructure for Advanced Microbial Ecology Research and Analysis (CAMERA)に預託され、カリフォルニア大学サンディエゴ校のCalit2によって管理されている。CAMERAのツールセットはJCVIが開発し、GOSデータセットの最初の出版で使用されている。
出資
[編集]ソーサラーIIの航海には以下の団体が出資した:
- ゴードン・アンド・ベティ・ムーア財団（シークエンスと解析）[2]
- アメリカ合衆国エネルギー省科学局（シークエンスと解析）[2]
- J・クレイグ・ヴェンター研究所（船舶の運航）[2]
- ムーア財団は7年間で2450万ドルを出資(CAMERA)[2]
船舶
[編集]| ソーサラーII | |
|---|---|
| 基本情報 | |
| 建造所 | クックソン |
| 経歴 | |
| 進水 | 1998年 |
| 要目 | |
| 長さ | 28.95m |
| 幅 | 7.08m |
| 喫水 | 2.84m |
| 推進器 | カミンズ 300 HP一基 |
ソーサラーII（英語: Sorcerer II）は中緯度で遺伝子配列とカタロギングのための海水微生物サンプルを収集する2年間の地球一周探査を達成した。このヨットは世界一周に耐えられる設計ではなかったが赤道直下の暑さや湿度といった極端な温度でも扱え、60度から70度まで耐えられるようになっている。ソーサラーIIの構造はケブラーとEガラスラミネート加工とエポキシ接着を使用し中核部の素材を慎重に選定したため動きが軽くなるようにしつつ強度を大きく高めている。
このヨットはジャーマン・フレールによって設計され、2,400リットル (630 US gal)の水を運ぶことが出来る。
論文
[編集]以下がプロジェクトとJ・クレイグ・ヴェンター研究所による公式論文である。
- Venter, JC; Remington, K; Heidelberg, JF; Halpern, AL; Rusch, D; Eisen, JA; Wu, D; Paulsen, I et al. (2 April 2004). “Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea”. Science (New York, New York: American Association for the Advancement of Science) 304 (5667): 66–74. Bibcode: 2004Sci...304...66V. doi:10.1126/science.1093857. ISSN 0193-4511. PMID 15001713.
- Yooseph, S; Sutton, G; Rusch, DB; Halpern, AL; Williamson, SJ; Remington, K; Eisen, JA; Heidelberg, KB et al. (13 March 2007). “The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the Universe of Protein Families”. PLoS Biology (USA: Public Library of Science) 5 (3): e16. doi:10.1371/journal.pbio.0050016. ISSN 1544-9173. PMC 1821046. PMID 17355171.
- Kannan, N; Taylor, SS; Zhai, Y; Venter, JC; Manning, G (13 March 2007). “Structural and Functional Diversity of the Microbial Kinome”. PLoS Biology (USA: Public Library of Science) 5 (3): e17. doi:10.1371/journal.pbio.0050017. ISSN 1544-9173. PMC 1821047. PMID 17355172.
- Rusch, DB; Halpern, AL; Sutton, G; Heidelberg, KB; Williamson, S; Yooseph, S; Wu, D; Eisen, JA et al. (13 March 2007). “The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Northwest Atlantic through Eastern Tropical Pacific”. PLoS Biology (USA: Public Library of Science) 5 (3): e77. doi:10.1371/journal.pbio.0050077. ISSN 1544-9173. PMC 1821060. PMID 17355176.
- Yutin, N; Suzuki, MT; Teeling, H; Weber, M; Venter, JC; Rusch, DB; Béjà, O (1 June 2007). “Assessing diversity and biogeography of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in surface waters of the Atlantic and Pacific Oceans using the Global Ocean Sampling expedition metagenomes”. Environmental Microbiology (England: Blackwell Science) 9 (6): 1464–75. doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01265.x. ISSN 1462-2912. PMID 17504484.
- Sharon, I; Tzahor, S; Williamson, S; Shmoish, M; Man-Aharonovich, D; Rusch, DB; Yooseph, S; Zeidner, G et al. (1 October 2007). “: Viral photosynthetic reaction center genes and transcripts in the marine environment”. The ISME Journal (England: Nature Publishing Group) 1 (6): 492–501. doi:10.1038/ismej.2007.67. ISSN 1751-7362. PMID 18043651.
- Williamson, SJ; Rusch, DB; Yooseph, S; Halpern, AL; Heidelberg, KB; Glass, JI; Andrews-Pfannkoch, C; Fadrosh, D et al. (23 January 2008). Hall, Neil. ed. “The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Metagenomic Characterization of Viruses within Aquatic Microbial Samples”. PLoS ONE (USA: Public Library of Science) 3 (1): e1456. Bibcode: 2008PLoSO...3.1456W. doi:10.1371/journal.pone.0001456. ISSN 1932-6203. PMC 2186209. PMID 18213365.
- Shaw, AK; Halpern, AL; Beeson, K; Tran, B; Venter, JC; Martiny, JBH (10 September 2008). “It's all relative: ranking the diversity of aquatic bacterial communities”. Environmental Microbiology (England: Blackwell Science) 10 (9): 2200–10. doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01626.x. ISSN 1462-2912. PMID 18637951.
関連項目
[編集]脚注
[編集]- ^ Global Ocean Sampling Expedition project at the J. Craig Venter Institute, Project ID 13694, National Center for Biotechnology Information, web site accessed Mar 17, 2007
- ^ a b c d More than Six Million New Genes, Thousands of New Protein Families, and Incredible Degree of Microbial Diversity Discovered from First Phase of Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, 13 March 2007 Press Release, J. Craig Venter Institute
