出典3:"Episodes of Diversification and Isolation in Island Southeast Asian and Near Oceanian Male Lineages."[3]
研究の要旨は「東南アジア島嶼部において5万年前と6千年前の2度、Y染色体が急激に多様化するイベントが発生した」という内容です。検証しているハプログループはC-M130、M-P256、S-B254の3つで、本記事のO1b2a1a1(O-CTS11986)についても何も触れられていません。他の論文(Yan et al. 2014、Karafet et al. 2010)を引用する形で上位のO-M175に触れられていますが、2万5千年前から1万5千年前に多様化した(原文:Also during this time period (25–15 kya), the sublineages of haplogroup O-M175 continued to radiate)、あるいは1万4千年前から1万年前まで多様化した(原文:Between 14 and 10 kya, major splits occurred in O1a-F31, O2-PK4, and many other O-M175 lineages, some of which are shared between Mainland and ISEA.)と記されていますが、例えば図4を見ればわかるように本記事の主題であるCTS11986(O1b2a1a1)はもちろんF1204も個別の名称を挙げて触れられていません。日本や7870年前についても記述がありません。本記事の文「約7870年前にO1b2a1a (F1204)から分かれた」「現代の日本人男性に多くみられ」など全て虚偽です。
記事本文「2020年の日本の研究により~」以下の出典12が付けられている文は、著作権侵害です。「極めて偏りが強い」を「集中している」、「低いことが示された」を「この調査で明らかになった」など、些細な改変がされているものの、全体的にコピペです。なお、出典には「韓国人におけるO1b2a1a1の集団は日本人におけるO1b2a1a1*の集団の近傍に位置している」と韓国人にもO1b2a1a1を持つ人がいることが明記されていますが、素直に読めばO1b2a1a1は日本人と韓国人の共通の祖先集団に見られる特徴となります。本記事にある「O1b2a1a1は日本固有の遺伝子」「日本人が海を渡り半島に土着した」という記述と明らかに乖離しています。補足すれば、O1b2a1a1のいくつかサブグループ(全てではない)は日韓で離れた位置にあるようですが、この分岐が何時頃のイベントなのかは明らかではありません。完全に余談ですが、同執筆者の後続研究と思われる論文には「The times of the most recent common ancestor ranged from 279 to over 2577 years」と記されている事も付け加えておきます。
Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese malesの項に「Y 染色体ハプログループに関すると,日本人男性は主にハプログループ C, D, O に分類される。Hammer et al.(2006)は,ハプログループ C は 12000 年前,ハプログループ D は20000 年前,ハプログループ O2b1 は 4000 年前に日本で拡散し始めたと報告している。」との記載があります。冷静に目を通してみましょう。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 10:40 (UTC)[返信]
虚偽ではありません。これが書かれたのは2014年です。20年程度、Y型ハプロタイプ遺伝子(男性のY染色体由来の遺伝子)を追ってきていれば把握できますが、遺伝子の分岐に関しては時代により精度が異なってきます。2000年頃には、O1b2a1a(旧O2b*)は分岐が2000年前だったものが、2010年前後には4000年、2015年前後には12000年前、2020年頃には25000年前と変遷してきています。時代と共に遺伝子の分析技術が向上したためです。なので現時点では、Karmin氏等が2022年に発表した論文では約7,900 (95% CI 9,449 <-> 5,624)年前、また中国の民間分析会社のデータでは、最も近い共通祖先の推定年代は約8,370年前[1]となります。データは常に更新されて変遷していきます。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 11:58 (UTC)[返信]
返信 (利用者:PeoplePowerRadioさん宛) 追伸。なぜ佐藤陽一の『Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males』を引用し、Hammer et alの『Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes』を引用しないのか不思議でしたので読んでみました。Hammer et al(2006)は「縄文時代にハプログループDが陸続きになった日本列島に入ったのち、ハプログループ0が稲作と共に渡来した」という仮説と自分たちの調査が矛盾しないという結論です。そして稲作を伝えた集団は東南アジアに起源をもち、朝鮮半島と日本列島に稲作を伝えたと推測しています。「O1b2a1a1は日本列島で発生した日本人固有の特徴」も虚偽であることが明らかになりました。--あずきごはん(会話) 2023年11月18日 (土) 11:53 (UTC)[返信]
すみませんが、とても建設的な議論が出来る状態ではないように御見受けられます。おそらく、何かしらの思想があるのだと思いますが、そもそも論として、大学で論文を記述したことがあればご理解いただけると思いますが、論文は何人もの教授や准教授が目を通して推敲していきます。Hammer et al (2006)を隅から隅まで読まれてはいないと思いますが、大学論文はそこいらも含めて、きちんと精査した上で出版します。ましてや、それを素人の初心者が軽く英文を読んで、ハイコレですとは解説できません。そのため、わざわざわかりやすくするために和訳された出典を持ってきているのです。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 12:07 (UTC)[返信]
今までの文章をもう一度冷静に読まれることをオススメします。どうやら、初歩的な質問やY遺伝子の特徴や変遷をご存じない方だと文章を読んで理解しています。多分、歴史変遷をご存じない方なので、20歳前後の方なのかも知れませんが、文章を読まれた際に、気に触る内容があったのかも知れません。何度も言いますが、「O1b2a1a1は日本列島で発生した日本人固有の特徴」には、Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese malesの項の,ハプログループ O2b1 は 4000 年前に日本で拡散し始めたと報告している。と記載があり、これは2014年に書かれたものなので、それを2022年のKarmin氏等が2022年に発表した論文では約7,900 (95% CI 9,449 <-> 5,624)年前に照らし合わせると4000年前のデータが8000年前に更新されています。あと、出来ればある程度Yハプロタイプの基礎知識を持った上で議論された方が良いと思います。遺伝子分野の他の頁においても、ここまで列記して欲しい等の書き込みや依頼はありません。もしそれを求めるなら、全ての遺伝子系の類似ページで行うべきだと思います。膨大な量になりますが。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 12:31 (UTC)[返信]
「cf. Figure S4: Dated phylogenetic tree of haplogroup (hg) O-M175及びTable S5: Coalescence ages within hg O and other lineages included in the analyses presented on Supplemental Figure S4.」
追伸3:また無茶を仰います。1点目の主張。すでにご説明(追伸2)しています。「O2b1は4000年前に拡散した」ことは「O1b2a1a1(2023)は4000年前に日本で拡散した」ことに読み替えられません。あなたが仰っていることは「人類が300万円前に誕生したのだから、日本人も300万年前からいたんだ」と同じぐらい陳腐な主張です。2点目の主張。これも追伸2と同じです。「O1b2a1a」は「O1b2a1a1」ではありません。そして核心であるはずの「約7,900 (95% CI 9,449 <-> 5,624)」がどこに書いてあるのか回答を拒んでいます。「中略)~1,7900,5624,9449)と表示されます」と主張されていますが、私には見えません。どの列と行に書いてあるのか指定してください。3点目の主張。「、"ハプログループO2b1は4000年前に日本で拡散し始めた"は、2023年には、"ハプログループO1b2a1a1は約8000年前に日本で拡散し始めた"とデータや名称変更に伴い、読み替えることが出来ます。」読み替えられません。Pere Gelabertら(2022)の論文はヒトゲノムの論文です。Y染色体ハプログループと混同させないでください。情報の合成になります。ちなみに、この論文要旨は「Korea-TK_1と名付けられた三国時代の朝鮮半島人は、現代韓国人・現代日本人・現代漢民族・日本古墳人に近い」(The results indicate that Korea-TK_1 shares the highest affinity to modern Korean, Japanese, and present-day Han populations and ancient populations from the Liao and Yellow Rivers, as well as Kofun.)という結論です。ご自身の提示されている論文に「日本列島で発生した日本人固有の特徴」に反する内容が書かれていることをどのように考えられているのか、全く理解できません。PeoplePowerRadioさんは昨日からずっとこんな感じです。権威ある、難しい論文を挙げれば説得力があると考えているようですが、全く無関係です。いちいちチェックさせられる手間が増えるだけです。はっきりいって論文を読めていないか、読むつもりがないか、読んだうえで誤魔化しているのかのどれかです。議論に加わっていただける人にはお手間ですが、PeoplePowerRadioさんの書かれた事ではなく、提示されている出典を必ず確認してください。そしてPeoplePowerRadioさんは虚偽出典の提示を繰り返す行為はコミュニティを消耗させていることを自覚してください。--あずきごはん(会話) 2023年11月19日 (日) 09:24 (UTC)[返信]
ちなみに、O-47z/O-K7の分岐開始年代は23mofangによれば6740年前、TheYtreeによれば5950年前、FTDNAによれば6,301(99% CI 8,137 - 4,778)年前、YFullによれば5600(95% CI 6600 <-> 4800)年前となっていますね。Hammer et al. (2006)がY-STRという、正確さの劣る古い方法を用いて計算した、日本人の祖先集団内におけるO-47zの分岐開始年代はこれらの数値に相当するのですが、Hammer et al. (2006)は厳密には古い方法を用いただけでなく、幾つかの異なる条件(異なるモデル)を想定して何度も計算を行っており、その数値は非常に大きなばらつきがあります:
7,870 (5,720–12,630) 年前
12,270 (4,680–27,630) 年前
3,810 (1,640–7,960) 年前
8,690 (3,840–17,640) 年前
6,800 (2,990–13,800) 年前
Hammer et al. (2006)は論文の中では結局第三の3,810(1,640-7,960)年前という計算結果を採用して本文を作成していますが、その他の計算値を無視すべきではないでしょう。
上記は、私が最後に申し上げたい一つの事に関連します。貴方は「Karmin et al. 2022は東南アジアとオセアニア地域のY-DNAに関する論文ですよ」と主張されていたのですが、これは実はKarmin et al. 2022をO-K10の分岐開始年代の出典とする優れた理由です。何故か分かりますか?
Hammer et al. (2006)は日本人の起源というのを論文の主旨と明記していますよね。だからこそ、自分たちの主張したい日本人の起源に関する仮説を裏付けるために、恣意的に結果を歪曲したり、自分たちの主張する仮説にとって一番都合の良い解釈をしたりする確率が割と高いですよね。
しかし、Karmin et al. (2022)はO-K10の分岐開始年代が論文の主旨と直接関係が無いからこそ、その様な心配はほとんど要らないでしょう。
返信 (Ebizurさん宛) コメントありがとうございます。とても丁寧な説明でありがたく思います。今後もおつきあいください。いただいたコメントに対し質問があります。EbizurもKarmin et al. 2022のデータよりK10(O1b2a1a)に記載されている7900 (95% CI 5624 <-> 9449)を参照し、これをO1b2a1aからO1b2a1a1が分岐した年代としています。そしてこれはPeoplePowerRadioさんと同じ意見です。しかし私はこれをO1b2a1からO1b2a1aが分岐した年代と考えています。Ebizurさんが他のデータも参考に挙げていただいていますが、「23mofangによれば6740年前」はo-47z、「TheYtreeによれば5950年前」はO-CTS713、「FTDNAによれば6,301」はO-K7、「YFullによれば5600」はo-47zでしょうか?、とそれぞれO1b2a1aの数値を読まれています。なぜKarmin et al. 2022のデータだけO1b2a1の数値をO1b2a1aからO1b2a1a1が分岐した年代と読まれるのでしょうか。加えてEbizurさんが挙げられた分岐年代は全て8000年よりも新しいですね?これも私が主張する「「O1b2a1a」が7900年前に発生したという事は「O1b2a1a1」はもっと新しい時代の分岐ですよね?」と矛盾ないと思います。またご承知の事と思いますが、FTDNAでO-K7にカーソルを合わせると「the man who is the most recent common ancestor of the O-K7 line is estimaited to have been born 4278BCE」と書かれており、私の考えのほうが正しいと思うのですが、この点ご説明いただけるとありがたいです。
2点目「上記は、私が最後に申し上げたい一つの事に関連~」からのコメントについて。少し見ているところが違うと感じています。まず、PeoplePowerRadiさんは「O2b1 は 4000 年前に日本で拡散し始めた」(SATOら 2014)と「O1b2a1a1が8000年前に分岐した」(Karmin et al. 2022)の合成をして「O1b2a1a1aが8000年前に(日本列島で発生した日本固有の遺伝子)」と主張しています。(括弧内は除去済み。)これを情報の合成による独自研究(+前述の質問の内容)と考えるのが私の主張の骨子になります。そしてSATOら(2014)が引用するHammer et al. (2006)は「More recently, Y chromosomes that originated in Southeast Asia expanded to Korea and Japan with the spread of wet rice agriculture.」とあります。これはPeoplePowerRadiさんが記事に記した「日本列島で発生した日本固有の遺伝子」と矛盾する結果です。これを指摘した上で「PeoplePowerRadiさんがされているはチェリー・ピッキングです」というのが私の主張です。また個々のデータについて無視するなどは一切していませんし、信頼性についても言及していません。もちろんEbizurさんのご主張にも反論はありません。よろしくお願いします。--あずきごはん(会話) 2023年11月27日 (月) 20:05 (UTC)[返信]
それと違って、現存するO-47zの分岐開始年代というのは、現代の全世界の全員の男性のDNAを採取してY染色体のSNPを調べない限り、容易には知り得ないものです。確実に言えることは、O-K4とO-47zの最も近い共通祖先の推定年代(上述の約8,000年前)が上限となり、そして既に検査が済んでいるO-47zに属す現代人のサンプルに基づいて計算されているO-47zの最も近い共通祖先の推定年代(例えばFTDNAが所蔵しているサンプルに基づいて論ずればO-47z=O-K7のTMRCA estimate、すなわち6,301 [99% CI 8,137 - 4,778] years before present)が下限となる、ということです。今後、分岐が更に早いO-47zに属す系統の発見により、下限(FTDNAのデータに基づいて約6,301年前)が上限(約8,000年前)に近づくことが有り得ます。
あずきごはん様:「the man who is the most recent common ancestor of the O-K7 line is estimaited to have been born 4278BCE」 -> これはすなわち、「私たちFTDNAが所蔵しているO-K7系統に属す者の最も近い父系の共通祖先である、とある一人の男性は今より約6,301年前に誕生したと推定される」という意味である。これは「FTDNAが所蔵している現存のO-K7=O-47zの最も近い共通祖先の推定年代」であって、ハプログループO1b1a1a1という系統(系統樹の枝)の推定年齢ではありません。後者はO1b1a1a1に属す一人の男性のY-DNAとO1b1a1a2に属す一人の男性のY-DNAさえあれば計算することができ、今後とも変わることのない確固たる「枝分かれ、分岐点」である。これと違って、47zだとか、K7だとかいう、一つ一つの突然変異がいつ発生したかというのは完璧に知り得ないのです。私たちが話し合うべき対象は、知り得る(計算できる)「枝分かれの発生時点」、「他者との分岐点」で、遺伝子の解析を行っても知り得ない事柄は遺伝子に関するページでは、原則、話題にすべきではないと思います。
続いて6301年前の数値について「FTDNAが所蔵しているサンプル」との主張をされていますがそのようなことはありません。あらゆるハプログループの分岐推定年代は、多くのサンプルを基にシミュレーションによって計算された推測値であり、FTDNAもKarmin et al. 2022も例外ではないと承知しています。たとえばYFullに示されるK4の分岐年代(6900年前)は37サンプルのデータからシミュレーションされた推測年代であり、これにはFTDNAや23mofangのサンプルデータも含まれます。
返信 (Ebizurさん宛) 落ち着いてください。この議論に分岐学の理解度などという大風呂敷を広げる必要はありません。当初より私が主張しているのは「出典にない記述がされている=独自研究=除去するべき」です。Ebizurさんは議論に参加していただいて以来、過去版になかった様々な出典を提示していただき、議論が進展していることには感謝しています。その上で、Ebizurさんが提示されている出典により、「O1b2a1aの分岐年代である約8000年前」は「O1b2a1a1の分岐年代」を意味しないという私の主張が補強されていると考えています。具体的には[8]に記される「The FamilyTreeDNA Time to Most Recent Common Ancestor (TMRCA) estimate is calculated based on SNP and STR test results from many present-day DNA testers. The uncertainty in the molecular clock and other factors is represented in this probability plot, which shows the most likely time when the common ancestor was born amongst the other statistical possibilities.」、あるいは「the man who is the most recent common ancestor of the O-K7 line is estimaited to have been born 4278BCE」ですね。私はこれを根拠に(たとえば)「O1b2a1a1の分岐年代(この表現に問題があるのならば、原典に忠実に「最初のO1b2a1a1が生まれたのは」に差し替えてもかまいません。意味は変わりませので)」としましょうと言っているだけです。これに対しEbizurさんは「FTDNAが所蔵」と出典にない情報を付加したうえで、「可能性」(これについてはWP:BALLの方針に違反すると指摘しました)を論じて軽んじる一方で、「O-K4とO-47zの最も近い共通祖先の推定年代(上述の約8,000年前)が上限」などとこれも出典に無い事を理由に「確実」と表現されていることがおかしいと指摘しているだけです。個々での議論は学術的な正しさではありません。出典にない記述はしてはならないというウィキペディアのルールです。今、Ebizurさんがされるべきことは、私に対して「黙れ」「想像」「デタラメ」などの暴言を吐くことではなく、Ebizurさんが根拠とする確実な出典、すなわち「O1b2a1a1の分岐年代が約8000年前」あるいは「O1b2a1a1の分岐年代がO1b2a1aの誕生した約8000年前まで遡る」という出典を提示することです。繰り返しますが、私とあなたの理解度を競っているのではありません。私の理解度がご自身より劣っていると思いたいのならばどうぞそのようにしてください。併せてこれを理由に議論から降りるつもりも、編集を控えるつもりもありません。Ebizurさんが適切な出典を提示するまでです。--あずきごはん(会話) 2023年12月7日 (木) 11:56 (UTC)[返信]
あずきごはん氏の主張に際して、幾度となく「O1b2a1a1は日本列島で発生した日本人固有の特徴」には、Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese malesの項の,ハプログループ O2b1 は 4000 年前に日本で拡散し始めたと報告している。と記載があり、これは2014年に書かれたものなので、それを2022年のKarmin氏等が発表した論文では約7,900 (95% CI 9,449 <-> 5,624)年前となっており、そのデータを更新すると、4000年前のデータが8000年前に更新されています。と記述しています。
まずこちらの出典[[9]]の76頁に記載の項ですが、日本人類学会の(Anthropological Science-Japanese Series)からの出典です。こちらの出典に記載の"Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese malesの項の,ハプログループ O2b1 は 4000 年前に日本で拡散し始めた"との記載から、O1b2a1a1推定発生地を日本列島またはその近くにある北東アジアの一部地域と記述しています。少なくとも最低限日本で拡散していますので、含みも持たせてこのように記述しています。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 13:50 (UTC)--(修正)PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 15:22 (UTC)[返信]
続いてこちらの出典[[10]](Karmin 2022)ですが、こちらの論文の"Between ∼18 and 15 kya, expansions and splits occurred within several lineages in parallel, notably O1-M119, O4-Page59, O6-L127.1, O3a′b-F450, O3f′h-M2055, and O3i′j-N6 (fig. 4 and supplementary fig. S4 and table S5, Supplementary Material online)."の文中にあるfig. 4 and supplementary fig. S4 and table S5の中にあるExcelファイルデータ"MBE-21-1195_Karmin_Supplemental_Tables_S1_S9.xlsx"に記載されています。Excelシートタブの"S5 O coalescence ages"にて"Haplogroup"の項でO-K10と検索ください。すると以下の画像の様な数字が出てきます。通称(O1b2a1a)O-K10のTMRCAは約7,900 (95% CI 5,624~9,449)年前こちらの数字より約7,900 (95% CI 9,449 <-> 5,624)データの信頼区間が9,449年~5,624年前となっています。そして平均が7,900年前となります。O-K10は通称(O1b2a1a)と呼ばれ、今回のO1b2a1a1の親グループとなります。これを親に持つTMRCA(兄弟のMRCAは彼らの親グループのTMRCAとなります。つまり約7900年前となる。)※MRCAの概念は最も近い共通祖先を参照。よって、O1b2a1a1とO1b2a1a2の分岐が約8000年前となります。約8000年としたのは、遺伝子情報は技術の進歩や発見により、年代が前後する場合もございます。そのため出典は7900年前ですが、図示等する際に丸めて約8000年としました。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月18日 (土) 15:22 (UTC)[返信]
次にこのY染色体遺伝子が拡散した時期について記述します。ハプログループO1b2a1a1(親O1b2a1a)は約8000年前(4000年前→約8000年前に変更)に日本で拡散し始めたの根拠ですが、こちらの出典[12](Karmin 2022)の論文中に記載されているデータfig. 4 and supplementary fig. S4 and table S5のExcelファイルデータ"MBE-21-1195_Karmin_Supplemental_Tables_S1_S9.xlsx"に記述されています。この時に注意すべき点として、ここでは、Y染色体ハプログループO1b2a1aという名称ではなく遺伝子の正式名称の一つでO5-K10として記載されています。※通常O5-K10の5はややこしくなるので省略しています。ちなみにO1b2a1aの中でも東アジアで多く見られる代表型がO1b2a1a(O5-K10)です。
Excel上で該当のTMRCA時代が記述されている場所は、Excelシートの"S5 O coalescence ages"をクリックして頂き、そのシート中のB2セル(Haplogroup)を選択してください。次に、そのセルのプルダウンリストをクリックして、検索ボックスを選択します。そこに半角英数字でO5-K10と記入し検索すると、(n192,O5-K10~(中略)~1,7900,5624,9449)と表示されます。ここに記載のAge 7900 (95% CI 5,624~9,449)が該当します。データに幅があるのは信頼区間がデータにあるためです。つまり、データ信頼水準95%で、平均年代7900年、年代が5624~9449年前の間でO5-K10(O1b2a1a)を親に持つ遺伝子が分離しているよ。つまり、子遺伝子のO1b2a1a1(日本人に多い)やO1b2a1a2(朝鮮民族や漢民族に多い)が誕生しているとなります。1点目のハプログループO1b2a1a1(2023)は4000年前に日本で拡散し始めたという結論から、ハプログループO1b2a1a1(2023)は約8000年前(2022)に日本で拡散し始めたとなります。
また、WikipediaのY染色体ハプログループの項には、遺伝子工学と人類考古学を総合して記載しています。(例:ハプログループO2 (Y染色体)の"崎谷満はO2-M122系統の一部は縄文時代に日本にミレット農耕をもたらしたが、その大部分は弥生時代以降の中国大陸及び朝鮮半島からの流入であろうとしている"等の記載がある。)言語や人類の移動等も含めて記載しており、この場合も人類の遺伝子拡散経路として、O1b2a1aの子孫である平均約8000年前に分岐したO1b2a1a1は、日本で拡散しその後、朝鮮半島南部での考古学調査や韓国の前方後円墳で発掘された遺骨から、日本人に多い遺伝子が見つかっており、文献としてウィーン大学の調査論文で[3]論文中のイントロで"with research showing that modern Korean genomes can be modeled as a combination of ancestries belonging to ancient populations from the West Liao River (China) and the Japanese archipelago"(和訳:研究によると、現代の韓国人のゲノムは、西遼河 (中国) と日本列島の古代集団に属する祖先の組み合わせ)と記載があるため、これらを複合的に記述しております。--PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月19日 (日) 01:33 (UTC)--(修正)PeoplePowerRadio(会話) 2023年11月19日 (日) 02:17 (UTC)[返信]