ペルルシジバカ属
| ペルシジバカ属 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 分類 | ||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||
| 学名 | ||||||||||||||||||
| Perlucidibaca Song et al. 2008[1][2] | ||||||||||||||||||
| タイプ種 | ||||||||||||||||||
| Perlucidibaca piscinae Song et al. 2008[1] (IJSEMリストに掲載 2008)[2] | ||||||||||||||||||
| 種（2024年8月現在[7]） | ||||||||||||||||||
|
ペルルシジバカ属（ペルルシジバカぞく、Perlucidibaca）は真正細菌Pseudomonadota門ガンマプロテオバクテリア綱シュードモナス目モラクセラ科の属の一つである[1][8][9]。
概要
[編集]グラム陰性。オキシダーゼ陽性。カタラーゼ陰性又は陽性である[1]。化学従属栄養性および通性好気性。嫌気的成長は好気的成長に近しい。細胞は、極鞭毛によって運動する短い桿菌である。インドールを生成する。硝酸還元は弱陽性である。グルコース発酵では酸を生成しない。主な細胞脂肪酸は、C16:1 ω7c及び/又はiso-C15:0 2-OH、C18:1 ω7c、C12:0 3-OH及びC12:0である。DNAのGC含量は63.1 mol%である。主要な呼吸キノンはQ-8である。
下位分類（種）
[編集]- Perlucidibaca aquatica ペルルシジバカ・アクアティカ
- 種名"aquatica"は、「水から発見された」を意味するラテン語形容詞である。
- グラム陰性、オキシダーゼ陽性、カタラーゼ陰性、非運動性、非滑走運動性、偏性好気性[3]。細胞は桿状（0.5～0.7µm×1.0～1.6µm）である。コロニーはR2A寒天培地上で30℃5日間培養後では、直径0.5～1.0mm、円形、凸型、平滑、周縁が有り全体は白色透明である。生育条件は温度10～37℃（最適温度30℃）、pH 6.0～10.0（最適pH 7.0～8.0）、NaCl濃度は0～1.0% NaCl（最適濃度0%）である。
- タイプ株はBK296T（=KCTC 52162T、=JCM 31377T）であり、韓国三陟市の鍾乳洞Chodanggul Cave（37° 23′ 04″ N 129° 11′ 24″ E）の水から発見された[3]。GC含量は55.7 mol%である。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はKU984676である[10]。この株のドラフトゲノム配列のNCBIバイオプロジェクトのアクセッション番号はPRJNA322579である[11]。
- Perlucidibaca piscinae
- 種名"piscinae"は、ラテン語で「魚のいる池」を意味する名詞である。
- カタラーゼ陽性[5]。指数増殖期の細胞は短い桿菌で、長さ0.7～1.2 μm、幅0.5～0.7 μmである[1]。R2A寒天培地で培養したコロニーは円形で凸型、平滑、酪酸質、周縁が有り全体は透明である。コロニーのサイズは、R2A培地で30℃5日間培養後では、0.5～1.0 mmとなる。生育温度は8～37 ℃、最適温度は30 ℃であり、4 ℃及び42 ℃では増殖は確認されていない。生育pHは6～10で最適はpH 7.0、生育NaCl濃度は0～1% NaClで最適は0%である。主要な呼吸キノンはユビキノン12（U-12）である[5]。単一炭素源として同化される有機物はごく少数である。
- タイプ株はIMCC1704T（=KCCM 42363T、=NBRC 102354T）であり、これらは韓国の仁荷大学内にある人工淡水池から発見された。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はDQ664237である[12]。
脚注
[編集]- ^ a b c d e f Jaeho Song, Yoe-Jin Choo, Jang-Cheon Cho (01 January 2008). “Perlucidibaca piscinae gen. nov., sp. nov., a freshwater bacterium belonging to the family Moraxellaceae”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 (1): 97-102. doi:10.1099/ijs.0.65039-0. PMID 18175691.
- ^ a b c “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 58, part 1, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 (4): 747-748. (01 April 2008). doi:10.1099/ijs.0.2008/001446-0.
- ^ a b c Kiwoon Baek, Ji-Hye Han, Mi-Hwa Lee (01 July 2017). “Perlucidibaca aquatica sp. nov., isolated from fresh water”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67 (7): 2296-2300. doi:10.1099/ijsem.0.001940. PMID 28741994.
- ^ Aharon Oren, George M. Garrity (01 October 2017). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations, and new taxonomic opinions have appeared in volume 67, part 7, of the IJSEM”. 10.1099/ijsem.0.002285 67 (10): 3689-3691.
- ^ a b c Luís França 1, Luciana Albuquerque 1 and Milton S. da Costa 1,2 (1: Center for Neuroscience and Cell Biology, University of Coimbra, 3004-504 Coimbra, Portugal, 2: Microbiology Unit, BIOCANT Biotechnological Park, 3060-197 Cantanhede, Portugal) (01 November 2015). “Cavicella subterranea gen. nov., sp. nov., isolated from a deep mineral-water aquifer, and emended description of the species Perlucidibaca piscinae”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65 (Pt_11): 3812-3817. doi:10.1099/ijsem.0.000493. PMID 28875925.
- ^ Aharon Oren 1 and George M. Garrity 2 (1: The Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem, The Edmond J. Safra Campus, 91904Jerusalem, Israel, 2: Department of Microbiology and Molecular Genetics, Biomedical Physical Sciences, Michigan State University, East Lansing, MI 48824-4320, USA) (01 February 2016). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations and new taxonomic opinions have appeared in volume 65, part 11, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66 (2): 527-529. doi:10.1099/ijsem.0.000847.
- ^ Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte. “Genus Perlucidibaca”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature(LPSN). 2024年8月30日閲覧。
- ^ “Taxonomy - Perlucidibaca (GENUS)”. UniProt Consortium. 2021年9月5日閲覧。
- ^ “Perlucidibaca Song et al. 2008”. NamesforLife, LLC. 2021年9月5日閲覧。
- ^ “Perlucidibaca aquatica strain BK296 16S ribosomal RNA gene, partial sequence”. アメリカ国立生物工学情報センター (NCBI). 2024年9月13日閲覧。
- ^ “Perlucidibaca aquatica strain:BK296 Genome sequencing and assembly”. アメリカ国立生物工学情報センター (NCBI). 2024年9月13日閲覧。
- ^ “Perlucidibaca piscinae gene for 16S rRNA, partial sequence, strain: NBRC 102354”. アメリカ国立生物工学情報センター (NCBI). 2024年9月13日閲覧。