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利用者:加藤勝憲/ウェルカム・サンガー研究所

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以前はサンガー・センターおよびウェルカム・トラスト・サンガー研究所として知られていたウェルカム・サンガー研究所は、主にウェルカム・トラストによって資金提供されている、非営利でゲノミクスおよび遺伝学を研究する英国の組織である [1]。

ケンブリッジ郊外のヒンクストン村のウェルカム・ゲノム・キャンパスにあり、この場所を欧州バイオインフォマティクス研究所と共有している。 1992年に設立され、ノーベル賞受賞者である2人のフレデリックサンガーにちなんで名付けられた [2] [3]。ヒトゲノム計画に参加する大規模なDNAシークエンシングセンターとして考案され、ヒトゲノム解析に最大の貢献を果たし金字塔を打ち立てた。研究所は設立当初からデータ共有の方針を確立・維持しており、研究の多くを共同で行っています。

2000年以来、研究所は「健康と病気における遺伝学の役割」を理解するという使命を拡大し [4]、現在約900人を雇用しており[5] 、5つの主要な研究分野として細胞遺伝学、人間遺伝学、寄生虫と微生物、樹木生物学 に従事している。

施設とリソース

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キャンパス

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The Wellcome Genome Campus
Commemorative stain window located in the Sulston building of the Wellcome Sanger Institute, to mark the opening of the Genome Campus.

1993年、当時17人のサンガーセンターのスタッフがケンブリッジシャーのヒンクストンホールにある一時的な実験室に移動しました。 [6]この55エーカー (220,000 m2) サイトはウェルカムジェノームキャンパスになる予定でした。このキャンパスには約1300人のスタッフが増えており、そのうち約900人がサンガーインスティテュートで働いています。 [7]ゲノムキャンパスには、ウェルカムトラストカンファレンスセンター[8]と欧州バイオインフォマティクス研究所も含まれています。キャンパスの主要な拡張は2005年に正式にオープンしました。 [9]建物は、新しい研究所、データセンター、およびスタッフの設備を収容します。 [10]センターの名前について話し合う際に、サンガー（センターが開設されたときもまだ生きている）は、創設者のジョン・サルストンに、センターは「もっと良かった」と語った。サルストンは、「私はむしろ、私が尋ねなかったらよかったのに」とコメントした。 [11]

シーケンス

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サンガーインスティテュートのシーケンススタッフは、毎週何百万ものDNAサンプルを処理します。[要出典]研究所は「ほんの数年前には答えられなかった質問に答えるために最先端の技術を活用している」。 [12]技術の進歩により、サンガーインスティテュートは、個々の人間、脊椎動物の種、病原体のゲノムのシーケンスを、これまでにないペースで、コストを削減して実行できるようになりました。この研究所には、100を超える進行中の病原体配列決定プロジェクトがあります。 [13]サンガーインスティテュートの出力は、1日あたり約100億ベースの生のシーケンスデータです。 [14]

科学的リソース

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Template:Infobox Instituteバイオインフォマティックデータベースのリソースは、サンガーインスティテュートが関与している研究プログラムの成果の1つです。サンガーインスティテュートが主催するものは次のとおりです。

いくつかのデータベースはサンガーインスティテュートで開始されましたが、現在は他の場所でホストされています。

リサーチ

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サンガーインスティテュートの科学研究は5つの科学プログラムで構成されており、それぞれが特定の生物学、疾患、または分析に焦点を当てた主要な研究分野を定義しています。サンガーインスティテュートの現在のプログラムは、癌、老化と体細胞変異、細胞遺伝学、ヒト遺伝学、寄生虫と微生物、そして生命の木です。すべてのプログラムからの研究は、ヒト、病原体、細胞の進化、表現型、したがってゲノム変異の生物学的結果、および突然変異を引き起こすプロセスへの洞察を提供します。

がん、老化、体細胞変異プログラム

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データ集約とインフォマティクスの革新でリーダーシップを発揮し、ゲノム全体の機能スクリーニングと薬物検査のための癌のハイスループット細胞モデルを開発し、クローンの進化、老化、発達における体細胞変異の役割を探ります。このプログラムには、 Cancer GenomeProjectが含まれています。

細胞遺伝学プログラム

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Explores human gene function by studying the impact of genome variation on cell biology. Large-scale systematic screens are used to discover the impact of naturally occurring and engineered genome mutations in human induced pluripotent cells (hIPSCs), their differentiated derivatives and other cell types. It is one of the founder programmes driving the creation and organisation of the international Human Cell Atlas initiative.

Human Genetics Programme

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The institute's research in human genetics focuses on the characterisation of human genetic variation in health and disease. Aside from the institute's contribution to the Human Genome Project, researchers at the Sanger Institute have made contributions in various research areas relating to disease, population comparative and evolutionary genetics. In January 2008, the launch of the 1000 Genomes Project, a collaboration with scientists around the globe, signalled an effort to sequence the genomes of 1000 individuals in order to create the "most detailed map of human genetic variation to support disease studies".[24] The data from the pilot projects was made freely available in public databases in June 2010.[25] In 2010, the Sanger Institute announced its participation in the UK10K project,[26][27][28] which will sequence the genomes of 10,000 individuals to identify rare genetic variants and their effects on human health. The Sanger Institute is also part of the International Cancer Genome Consortium, an international effort to describe different cancer tumour types.[29] It is also part of the GENCODE and ENCODE research programmes[30] to create an encyclopaedia of DNA elements.[要出典]

The Programme applies genomics to population-scale studies to identify the causal variants and pathways involved in human disease and their effects on cell biology. It also models developmental disorders to explore which physical aspects might be reversible.

Pathogens and Microbes Programme

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Investigates the common underpinning mechanisms of evolution, infection and resistance to therapy into bolster understanding of bacteria, viruses and parasites, with a particular interest in malaria. It also explores the effects of genome variation on the biology of host-pathogen interactions, in particular host response to infection and the role of microiotia in health and disease. All the genomes after sequencing are made available at the web-based onsite-maintained database, GeneDB.[要出典]

Tree of Life Programme

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The Tree of Life Programme was created in 2019 to investigate the diversity of complex organisms found in the UK through sequencing and cellular technologies. It also compares and contrasts species' genome sequences to unlock insights into evolution and conservation. This Programme will play a leading role in the Darwin Tree of Life Project, a UK-wide initiative to sequence the genomes of all 66,000 complex species (eukaryotes) in the British Isles.

Collaborations

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Much of the Sanger Institute's research is carried out in partnership with the wider scientific community; over 90 percent of the institute's research papers involve collaborations with other organisations. Significant collaborations include:

Public engagement

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The Sanger Institute has a programme of public engagement activity. The programme aims to make complex biomedical research accessible to a range of audiences including school students and their teachers, and local community members.

The Communication and Public Engagement programme aims to "encourage informed discussion about issues relevant to Sanger Institute research"[36] and "foster a community of researchers who can engage effectively with different audiences".[36] The institute hosts visits for more than 1,500 students, teachers and community groups per year. Visitors may meet scientific staff, tour the institute and its facilities, and participate in ethical debates and activities. The programme also offers professional development sessions for teachers of GCSE and post 16 science through the national network of Science Learning Centres, and by hosting visits for groups interested in updating their knowledge in contemporary genetics. Videoconferencing into the Sanger Institute is also offered for Science Learning Centres, Science Centres and schools.

Scientific and public engagement staff also collaborate on and contribute to national projects such as the UK's InsideDNA[37] traveling exhibition and the Who am I? gallery at The Science Museum.[38] They also participate in public events such as the Cambridge Science Festival.

Graduate training

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The institute operates two PhD training programmes: a four-year course for basic science graduates, and a three-year course for clinicians. The four-year course requires students to rotate around three different laboratories in order to broaden their scientific horizons before choosing a PhD project. Each student is required to choose at least one experimental and one informatics-based rotation project.[39] The institute houses approximately 50 pre-doctoral students, all of whom are registered at the University of Cambridge.[40]

Officers

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According to Companies House the five officers of the parent company Genome Research Limited are Henry Parkinson, Kay Elizabeth Davies, Rolf Dieter Heuer, James Cuthbert Smith, David Lindsay Willetts.[41] According to the Sanger website Henry Parkinson is head of legal.[42]

2015年現在 the Sanger employs around 900 people, and is led by Michael Stratton. Notable scientific staff, faculty and alumni are listed below:

Academic faculty

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2019年現在 a faculty of 32 scientists lead hypothesis-driven research, seeking answers to biomedical questions.[43] Among others, these include Dominic Kwiatkowski, Nicole Soranzo, Michael Stratton, Sarah Teichmann and Matthew Hurles. The institute also has a number of Associate Faculty members, International Fellows and Honorary Faculty. These include Adrian Bird, Ewan Birney, Chris Ponting, Fiona Powrie, Stephen O'Rahilly, Antonio Vidal-Puig, and Wolf Reik, among others.

Scientific advisory board

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The Sanger Board of Management are guided by the scientific advisory board[44] whose members include Professor David Altshuler, Professor Anton Berns, Professor David J. Lipman, Professor Kevin Marsh and Professor Sir Paul Nurse.

Alumni

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Previous faculty members at the Sanger include:[45]

 

History

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Management

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John E. Sulston was the founding director of the Sanger Institute. Sulston was instrumental in the choice of the Hinxton site for the institute and remained there as director until the announcement of the completion of the draft human genome in 2000.[50] Sulston graduated from the University of Cambridge in 1963 and completed his PhD on the chemical synthesis of DNA in 1966.[51] He shared the 2002 Nobel Prize in Physiology or Medicine with Robert Horvitz and Sydney Brenner,[52] two years after standing down as director of the institute.

In 2000, Allan Bradley left his appointment as professor at the Baylor College of Medicine, in the US, to take up the position as director of the Sanger Institute. Bradley wanted to build on the achievements made by the Sanger Institute in the Human Genome Project by "concentrating on gene function, cancer genomics, and the genomes of model organisms such as the mouse and the zebrafish".[53] Bradley received his BA, MA and PhD in genetics from the University of Cambridge.[54][55][56][57]

In 2010, Bradley stepped down from his leadership role to form a startup company, but remains on the faculty of the institute as director emeritus. Mike Stratton, who is a leader of the Cancer Genome Project and the International Cancer Genome Consortium, was appointed director of the Sanger Institute in May of that year.[58]

Human Genome Project

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The Sanger Institute was opened in 1993, three years after the inception of the Human Genome Project, and went on to make the largest single contribution to the gold standard sequence of the human genome, published in 2004.[59] The institute was engaged in collaborations to sequence 8 of the 23 human pairs of chromosomes (1, 6, 9, 10, 13, 20, 22, and X).[60] Since the publishing of the human genome, research carried out at the institute has developed beyond sequencing of organisms into various biomedical research areas, including studies into diseases such as cancer, malaria and diabetes.

Controversy

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In August 2018 it was reported that an investigation was under way into allegations of bullying of staff and gender discrimination made against senior management of the Wellcome Trust Sanger Institute, including the director.[61] The investigation, carried out by the barrister Thomas Kibling from Matrix Chambers, concluded in October 2018 and cleared Stratton of any wrongdoing, while listing areas for improvement in the workings of the Sanger Institute.[62][63] The findings and the independence of the investigation were disputed.[64]

In October 2019 it was reported that the institute had manufactured a medical tool with the intent of monetising it despite not having ethical nor legal approval to do so and having been made aware by Stellenbosch University and internal whistleblowers.[65]

脚注・参考文献

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外部リンク

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