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'''SIMAP''' ('''Similarity Matrix of Proteins''') は[[分散コンピューティング]]を用いて運用されているタンパク質類似性の[[データベース]]であり、[[ミュンヘン工科大学]]と[[:en:Helmholtz Zentrum München]]による合同プロジェクトとして管理されている。利用者は科学的目的のために自由にアクセスすることができる。同様の他のアプリケーションでは[[タンパク質ドメイン]]を探すために[[隠れマルコフモデル]]が用いられているのに対し、SIMAPはタンパク質類似性を事前計算するために [[FASTA]]アルゴリズムを用いている。 |
'''SIMAP''' ('''Similarity Matrix of Proteins''') は[[分散コンピューティング]]を用いて運用されているタンパク質類似性の[[データベース]]であり、[[ミュンヘン工科大学]]と[[:en:Helmholtz Zentrum München]]による合同プロジェクトとして管理されている。利用者は科学的目的のために自由にアクセスすることができる。同様の他のアプリケーションでは[[タンパク質ドメイン]]を探すために[[隠れマルコフモデル]]が用いられているのに対し、SIMAPはタンパク質類似性を事前計算するために [[FASTA]]アルゴリズムを用いている。 |
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なお2014/5/30に2014年をもってboincプロジェクトの終了が発表された。 |
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SIMAPは分散コンピューティングのプラットフォームとして[[Berkeley Open Infrastructure for Network Computing|BOINC]]を用いている。ワークユニットは毎月はじめに配布される。アプリケーションの特徴は以下の通り。 |
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* ワークユニット当たりの[[CPU]]処理時間は15分から3時間と幅が広い。 |
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* ワークユニットのサイズはおおよそ600 [[キロバイト|kB]]から1.35 [[メガバイト|MB]]であり、平均で1.20 MBである。 |
* ワークユニットのサイズはおおよそ600 [[キロバイト|kB]]から1.35 [[メガバイト|MB]]であり、平均で1.20 MBである。 |
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* [[ストリーミングSIMD拡張命令|SSE]]が利用可能なCPUに最適化されている。SSE非対応の古いCPU向けアプリケーションも提供されているが、各自がインストールする必要がある。 |
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* 対応[[オペレーティングシステム|OS]]は[[Linux]]、[[Microsoft Windows|Windows]]、[[Mac OS]]やその他[[UNIX]]プラットフォームである。 |
* 対応[[オペレーティングシステム|OS]]は[[Linux]]、[[Microsoft Windows|Windows]]、[[Mac OS]]やその他[[UNIX]]プラットフォームである。 |
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* データベース形成が完了しているため、現在は毎月はじめに少数配布するのみとなっている。 |
* データベース形成が完了しているため、現在は毎月はじめに少数配布するのみとなっている。 |
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2018年10月14日 (日) 11:14時点における最新版
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SIMAP (Similarity Matrix of Proteins) は分散コンピューティングを用いて運用されているタンパク質類似性のデータベースであり、ミュンヘン工科大学とen:Helmholtz Zentrum Münchenによる合同プロジェクトとして管理されている。利用者は科学的目的のために自由にアクセスすることができる。同様の他のアプリケーションではタンパク質ドメインを探すために隠れマルコフモデルが用いられているのに対し、SIMAPはタンパク質類似性を事前計算するために FASTAアルゴリズムを用いている。
なお2014/5/30に2014年をもってboincプロジェクトの終了が発表された。
プラットフォーム
[編集]SIMAPは分散コンピューティングのプラットフォームとしてBOINCを用いている。ワークユニットは毎月はじめに配布される。アプリケーションの特徴は以下の通り。
- ワークユニット当たりのCPU処理時間は15分から3時間と幅が広い。
- ワークユニットのサイズはおおよそ600 kBから1.35 MBであり、平均で1.20 MBである。
- SSEが利用可能なCPUに最適化されている。SSE非対応の古いCPU向けアプリケーションも提供されているが、各自がインストールする必要がある。
- 対応OSはLinux、Windows、Mac OSやその他UNIXプラットフォームである。
- データベース形成が完了しているため、現在は毎月はじめに少数配布するのみとなっている。
関連項目
[編集]外部リンク
[編集] | この項目は、ソフトウェアに関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（PJ:コンピュータ/P:コンピュータ）。 |