「ターミネーター (遺伝学)」の版間の差分
Smilesworth (会話 | 投稿記録) m →ρ非依存的ターミネーター: リンクの追加 |
|||
| 8行目: | 8行目: | ||
=== ρ依存的ターミネーター === |
=== ρ依存的ターミネーター === |
||
ρ依存的な転写ターミネーターは、mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体を解体するために、{{仮リンク|ρ因子|en|Rho factor}} (Rho因子) と呼ばれる[[ヘリカーゼ|RNAヘリカーゼ]]活性を示すタンパク質を必要とする。ρ依存的ターミネーターは、[[細菌]]と[[ファージ]]に見つかる。ρ依存的ターミネーターは、[[翻訳 (生物学)|翻訳]]の[[終止コドン]]の下流に位置しており、その[[コンセンサス配列]]は同定されていないものの、[[二次構造]]を持たない[[シトシン]]に富んだ配列からなる ''rut'' 部位 (rho utilization site) と、下流の ''tsp'' (transcription stop point) から構成される。 ''rut'' は ρ因子が mRNA に結合し活性化される部位である。活性化によって、''rut との結合が保たれている間は'' ρ因子は効率的に [[アデノシン三リン酸|ATP]] を[[加水分解]]し、mRNA上を下流へ移動する。ρ因子が ''tsp'' で止まっているRNAポリメラーゼに追いついて接触すると、ρ因子のRNAポリメラーゼへの[[アロステリック効果]]を伴うメカニズムによって転写複合体の解離が促進される<ref name="Richardson1996">{{cite journal|last1=Richardson|first1=J. P.|year=1996|title=Rho-dependent Termination of Transcription Is Governed Primarily by the Upstream Rho Utilization (rut) Sequences of a Terminator|journal=Journal of Biological Chemistry|volume=271|issue=35|pages=21597–21603|doi=10.1074/jbc.271.35.21597|issn=0021-9258}}</ref><ref name="Ciampi-2006">{{Cite journal|last1=Ciampi|first1=MS.|date=Sep 2006|title=Rho-dependent terminators and transcription termination|journal=Microbiology|volume=152|issue=Pt 9|pages=2515–28|doi=10.1099/mic.0.28982-0| |
ρ依存的な転写ターミネーターは、mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体を解体するために、{{仮リンク|ρ因子|en|Rho factor}} (Rho因子) と呼ばれる[[ヘリカーゼ|RNAヘリカーゼ]]活性を示すタンパク質を必要とする。ρ依存的ターミネーターは、[[細菌]]と[[ファージ]]に見つかる。ρ依存的ターミネーターは、[[翻訳 (生物学)|翻訳]]の[[終止コドン]]の下流に位置しており、その[[コンセンサス配列]]は同定されていないものの、[[二次構造]]を持たない[[シトシン]]に富んだ配列からなる ''rut'' 部位 (rho utilization site) と、下流の ''tsp'' (transcription stop point) から構成される。 ''rut'' は ρ因子が mRNA に結合し活性化される部位である。活性化によって、''rut との結合が保たれている間は'' ρ因子は効率的に [[アデノシン三リン酸|ATP]] を[[加水分解]]し、mRNA上を下流へ移動する。ρ因子が ''tsp'' で止まっているRNAポリメラーゼに追いついて接触すると、ρ因子のRNAポリメラーゼへの[[アロステリック効果]]を伴うメカニズムによって転写複合体の解離が促進される<ref name="Richardson1996">{{cite journal|last1=Richardson|first1=J. P.|year=1996|title=Rho-dependent Termination of Transcription Is Governed Primarily by the Upstream Rho Utilization (rut) Sequences of a Terminator|journal=Journal of Biological Chemistry|volume=271|issue=35|pages=21597–21603|doi=10.1074/jbc.271.35.21597|issn=0021-9258}}</ref><ref name="Ciampi-2006">{{Cite journal|last1=Ciampi|first1=MS.|date=Sep 2006|title=Rho-dependent terminators and transcription termination|journal=Microbiology|volume=152|issue=Pt 9|pages=2515–28|doi=10.1099/mic.0.28982-0|pmid=16946247}}</ref><ref name=":1">{{cite journal|last=Epshtein|first=V|date=Jan 14, 2010|title=An allosteric mechanism of Rho-dependent transcription termination.|journal=Nature|volume=463|issue=7278|pages=245–9|doi=10.1038/nature08669|pmid=20075920|pmc=2929367|author2=Dutta, D|author3=Wade, J|author4=Nudler, E}}</ref>。 |
||
=== ρ非依存的ターミネーター === |
=== ρ非依存的ターミネーター === |
||
内因性ターミネーター (intrinsic terminator) もしくはρ非依存的ターミネーターは、伸長している転写産物の[[ヘアピンループ|ヘアピン]]構造の形成を必要とし、それによって mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体が解体される。ターミネーター配列のDNAは、20 bp 程度のGCに富んだ逆相補的 (reverse complement) 配列と"T stretch"と呼ばれる短いポリ(T)配列を含んでおり、転写されてヘアピン構造と7–9ヌクレオチド程度の"U tract"が形成される。転写の終結は、ヘアピン構造の形成によって、RNAポリメラーゼへのアロステリック効果で直接的に解離が促進されるというメカニズムと、RNAポリメラーゼの進行が止まって不安定化することで解離の可能性が高まるというメカニズムとの組み合わせで起こるという仮説が立てられている<ref name="von Hippel1998">{{cite journal|last1=von Hippel|first1=P. H.|year=1998|title=An Integrated Model of the Transcription Complex in Elongation, Termination, and Editing|journal=Science|volume=281|issue=5377|pages=660–665|doi=10.1126/science.281.5377.660}}</ref><ref name="GusarovNudler1999">{{cite journal|last1=Gusarov|first1=Ivan|last2=Nudler|first2=Evgeny|year=1999|title=The Mechanism of Intrinsic Transcription Termination|journal=Molecular Cell|volume=3|issue=4|pages=495–504|doi=10.1016/S1097-2765(00)80477-3|issn=1097-2765}}</ref>。さらに、転写伸長因子の NusA がRNAポリメラーゼとヘアピン構造とに相互作用すると、転写終結が促進される<ref name="Santangelo-2011">{{Cite journal|last1=Santangelo|first1=TJ.|last2=Artsimovitch|first2=I.|date=May 2011|title=Termination and antitermination: RNA polymerase runs a stop sign.|journal=Nat Rev Microbiol|volume=9|issue=5|pages=319–29|doi=10.1038/nrmicro2560| |
内因性ターミネーター (intrinsic terminator) もしくはρ非依存的ターミネーターは、伸長している転写産物の[[ヘアピンループ|ヘアピン]]構造の形成を必要とし、それによって mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体が解体される。ターミネーター配列のDNAは、20 bp 程度のGCに富んだ逆相補的 (reverse complement) 配列と"T stretch"と呼ばれる短いポリ(T)配列を含んでおり、転写されてヘアピン構造と7–9ヌクレオチド程度の"U tract"が形成される。転写の終結は、ヘアピン構造の形成によって、RNAポリメラーゼへのアロステリック効果で直接的に解離が促進されるというメカニズムと、RNAポリメラーゼの進行が止まって不安定化することで解離の可能性が高まるというメカニズムとの組み合わせで起こるという仮説が立てられている<ref name="von Hippel1998">{{cite journal|last1=von Hippel|first1=P. H.|year=1998|title=An Integrated Model of the Transcription Complex in Elongation, Termination, and Editing|journal=Science|volume=281|issue=5377|pages=660–665|doi=10.1126/science.281.5377.660}}</ref><ref name="GusarovNudler1999">{{cite journal|last1=Gusarov|first1=Ivan|last2=Nudler|first2=Evgeny|year=1999|title=The Mechanism of Intrinsic Transcription Termination|journal=Molecular Cell|volume=3|issue=4|pages=495–504|doi=10.1016/S1097-2765(00)80477-3|issn=1097-2765}}</ref>。さらに、転写伸長因子の NusA がRNAポリメラーゼとヘアピン構造とに相互作用すると、転写終結が促進される<ref name="Santangelo-2011">{{Cite journal|last1=Santangelo|first1=TJ.|last2=Artsimovitch|first2=I.|date=May 2011|title=Termination and antitermination: RNA polymerase runs a stop sign.|journal=Nat Rev Microbiol|volume=9|issue=5|pages=319–29|doi=10.1038/nrmicro2560|pmid=21478900|pmc=3125153}}</ref>。 |
||
==真核生物== |
==真核生物== |
||
| 19行目: | 19行目: | ||
mRNA が完全に転写されてポリ(A)付加シグナルで切断された後も、残されたRNA鎖は pol II と DNA の鋳型に結合したままであり、転写は続けられる。切断の後、[[エキソヌクレアーゼ]]が残されたRNA鎖に結合し、新たに転写されたヌクレオチドを除去しながら pol II へ向かって移動する。このエキソヌクレアーゼはヒトでは {{仮リンク|XRN2|en|5'-3' exoribonuclease 2}} である。このモデルでは XRN2 が残されたRNAを分解しながら 5' から 3' へ、pol II に到達するまで進行すると仮定する。pol II に到達するとエキソヌクレアーゼは pol II のユニットを押し出し、転写を終結させるとともに残ったRNA鎖を完全に除去する。 |
mRNA が完全に転写されてポリ(A)付加シグナルで切断された後も、残されたRNA鎖は pol II と DNA の鋳型に結合したままであり、転写は続けられる。切断の後、[[エキソヌクレアーゼ]]が残されたRNA鎖に結合し、新たに転写されたヌクレオチドを除去しながら pol II へ向かって移動する。このエキソヌクレアーゼはヒトでは {{仮リンク|XRN2|en|5'-3' exoribonuclease 2}} である。このモデルでは XRN2 が残されたRNAを分解しながら 5' から 3' へ、pol II に到達するまで進行すると仮定する。pol II に到達するとエキソヌクレアーゼは pol II のユニットを押し出し、転写を終結させるとともに残ったRNA鎖を完全に除去する。 |
||
ρ依存的な転写終結と同様に、XRN2 は、pol II を DNA の鋳型から押し出すか、鋳型を pol II から引き抜くかによって、解離を引き起こす<ref>{{cite journal|last=Luo|first=W.|year=2004|title=A ribonucleolytic rat torpedoes RNA polymerase II|journal=Cell|volume=119|issue=7|pages=911–914|doi=10.1016/j.cell.2004.11.041| |
ρ依存的な転写終結と同様に、XRN2 は、pol II を DNA の鋳型から押し出すか、鋳型を pol II から引き抜くかによって、解離を引き起こす<ref>{{cite journal|last=Luo|first=W.|year=2004|title=A ribonucleolytic rat torpedoes RNA polymerase II|journal=Cell|volume=119|issue=7|pages=911–914|doi=10.1016/j.cell.2004.11.041|pmid=15620350|author2=Bartley D.}}</ref>。しかし、どのメカニズムで起こるのかはまだ不明であり、解離のメカニズムが1つではない可能性もある<ref>{{Cite journal|last=Luo|first=Weifei|last2=Johnson|first2=Arlen W.|last3=Bentley|first3=David L.|date=2006-04-15|title=The role of Rat1 in coupling mRNA 3′-end processing to transcription termination: implications for a unified allosteric–torpedo model|url=http://genesdev.cshlp.org/content/20/8/954|journal=Genes & Development|volume=20|issue=8|pages=954–965|language=en|doi=10.1101/gad.1409106|issn=0890-9369|pmid=16598041|pmc=1472303}}</ref>。 |
||
転写された mRNA をエキソヌクレアーゼによる分解から防ぐために、mRNA には[[5'キャップ]]が付加される。これは mRNA の先頭に付加される修飾された[[グアニン]]で、エキソヌクレアーゼが結合してRNA鎖を分解するのを防いでいる。3' のポリ(A)テールも、同じように他のエキソヌクレアーゼから保護するために mRNA の末端に付加される。 |
転写された mRNA をエキソヌクレアーゼによる分解から防ぐために、mRNA には[[5'キャップ]]が付加される。これは mRNA の先頭に付加される修飾された[[グアニン]]で、エキソヌクレアーゼが結合してRNA鎖を分解するのを防いでいる。3' のポリ(A)テールも、同じように他のエキソヌクレアーゼから保護するために mRNA の末端に付加される。 |
||
2020年1月25日 (土) 17:50時点における版
遺伝学において、転写のターミネーターとは、転写が行われている遺伝子またはオペロンの終端を示す核酸配列部分である。新しく転写された RNA 中の配列がシグナルとなり、転写された RNA を転写複合体から放出するプロセスが開始される。このプロセスには mRNA の二次構造と転写複合体との直接的な相互作用、または呼び寄せられた終結反応因子による間接的な効果が含まれる。mRNA の放出によってRNAポリメラーゼと関連する転写装置は自由となり、新たな mRNA の転写サイクルが開始される。
細菌
細菌のゲノム中には、ρ (Rho) 依存的ターミネーターと非依存的ターミネーターという2つのクラスのターミネーターが同定されている。広く分布するこれらの配列は、遺伝子またはオペロンの転写の正常な完了による終結や、転写減衰においてみられるような調節手段としての早期終結、そして、上流のターミネーターを逃れた転写複合体に対する終結の保証を担っており、細胞が不必要な転写にエネルギーを消費することを防いでいる。
ρ依存的ターミネーター
ρ依存的な転写ターミネーターは、mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体を解体するために、ρ因子 (Rho因子) と呼ばれるRNAヘリカーゼ活性を示すタンパク質を必要とする。ρ依存的ターミネーターは、細菌とファージに見つかる。ρ依存的ターミネーターは、翻訳の終止コドンの下流に位置しており、そのコンセンサス配列は同定されていないものの、二次構造を持たないシトシンに富んだ配列からなる rut 部位 (rho utilization site) と、下流の tsp (transcription stop point) から構成される。 rut は ρ因子が mRNA に結合し活性化される部位である。活性化によって、rut との結合が保たれている間は ρ因子は効率的に ATP を加水分解し、mRNA上を下流へ移動する。ρ因子が tsp で止まっているRNAポリメラーゼに追いついて接触すると、ρ因子のRNAポリメラーゼへのアロステリック効果を伴うメカニズムによって転写複合体の解離が促進される[1][2][3]。
ρ非依存的ターミネーター
内因性ターミネーター (intrinsic terminator) もしくはρ非依存的ターミネーターは、伸長している転写産物のヘアピン構造の形成を必要とし、それによって mRNA-DNA-RNAポリメラーゼ複合体が解体される。ターミネーター配列のDNAは、20 bp 程度のGCに富んだ逆相補的 (reverse complement) 配列と"T stretch"と呼ばれる短いポリ(T)配列を含んでおり、転写されてヘアピン構造と7–9ヌクレオチド程度の"U tract"が形成される。転写の終結は、ヘアピン構造の形成によって、RNAポリメラーゼへのアロステリック効果で直接的に解離が促進されるというメカニズムと、RNAポリメラーゼの進行が止まって不安定化することで解離の可能性が高まるというメカニズムとの組み合わせで起こるという仮説が立てられている[4][5]。さらに、転写伸長因子の NusA がRNAポリメラーゼとヘアピン構造とに相互作用すると、転写終結が促進される[6]。
真核生物
真核生物の mRNA の転写では、終結のシグナルはRNAポリメラーゼII (pol II) に関連したタンパク質因子によって認識され、終結プロセスが開始される。ポリ(A)付加シグナルが mRNA へ転写されると、CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) と CstF (cleavage stimulation factor) が pol II の CTD (C-terminal domain) からポリ(A)付加シグナルへ移動する。その後、これらの2つの因子は他のタンパク質を呼び寄せて転写産物を切断し、ポリアデニル化として知られるプロセスによって mRNA の 3' 末端に約200塩基のポリA鎖が付加される。このプロセシングの間もRNAポリメラーゼは数百から数千塩基にわたって転写を続け、最終的に DNA から解離する。そのメカニズムは不明だか、魚雷モデル (torpedo model) とアロステリックモデルという2つのモデルが提唱されている[7][8]。
魚雷モデル (Torpedo model)
mRNA が完全に転写されてポリ(A)付加シグナルで切断された後も、残されたRNA鎖は pol II と DNA の鋳型に結合したままであり、転写は続けられる。切断の後、エキソヌクレアーゼが残されたRNA鎖に結合し、新たに転写されたヌクレオチドを除去しながら pol II へ向かって移動する。このエキソヌクレアーゼはヒトでは XRN2 である。このモデルでは XRN2 が残されたRNAを分解しながら 5' から 3' へ、pol II に到達するまで進行すると仮定する。pol II に到達するとエキソヌクレアーゼは pol II のユニットを押し出し、転写を終結させるとともに残ったRNA鎖を完全に除去する。
ρ依存的な転写終結と同様に、XRN2 は、pol II を DNA の鋳型から押し出すか、鋳型を pol II から引き抜くかによって、解離を引き起こす[9]。しかし、どのメカニズムで起こるのかはまだ不明であり、解離のメカニズムが1つではない可能性もある[10]。
転写された mRNA をエキソヌクレアーゼによる分解から防ぐために、mRNA には5'キャップが付加される。これは mRNA の先頭に付加される修飾されたグアニンで、エキソヌクレアーゼが結合してRNA鎖を分解するのを防いでいる。3' のポリ(A)テールも、同じように他のエキソヌクレアーゼから保護するために mRNA の末端に付加される。
アロステリックモデル
アロステリックモデルは、pol II がシグナルを転写した後に pol II の関連タンパク質が結合または解離し、それに伴う pol II の構造的な変化によってDNA鎖からの解離が起こる、と示唆する。ポリ(A)付加シグナルの配列が終結のシグナルとして機能すると考えられている。
通常 pol II は、効率的に DNA を一本鎖の mRNA へ転写することができる、しかしながら、ポリ(A)付加シグナルを転写すると、pol II の CTD から関連タンパク質が失われることによって pol II のコンフォメーションの遷移が引き起こされる。このコンフォメーション変化によって pol II のプロセシビティが低下し、DNA-RNAの基質から解離しやすい状態となる。この場合、転写の終結は RNA の分解によって完了するのではなく、RNAポリメラーゼの伸長効率が限定されることで、ポリメラーゼが解離して転写サイクルが終了する可能性が高くなることで起こる[7]。
関連項目
出典
- ^ Richardson, J. P. (1996). “Rho-dependent Termination of Transcription Is Governed Primarily by the Upstream Rho Utilization (rut) Sequences of a Terminator”. Journal of Biological Chemistry 271 (35): 21597–21603. doi:10.1074/jbc.271.35.21597. ISSN 0021-9258.
- ^ Ciampi, MS. (Sep 2006). “Rho-dependent terminators and transcription termination”. Microbiology 152 (Pt 9): 2515–28. doi:10.1099/mic.0.28982-0. PMID 16946247.
- ^ Epshtein, V; Dutta, D; Wade, J; Nudler, E (Jan 14, 2010). “An allosteric mechanism of Rho-dependent transcription termination.”. Nature 463 (7278): 245–9. doi:10.1038/nature08669. PMC 2929367. PMID 20075920.
- ^ von Hippel, P. H. (1998). “An Integrated Model of the Transcription Complex in Elongation, Termination, and Editing”. Science 281 (5377): 660–665. doi:10.1126/science.281.5377.660.
- ^ Gusarov, Ivan; Nudler, Evgeny (1999). “The Mechanism of Intrinsic Transcription Termination”. Molecular Cell 3 (4): 495–504. doi:10.1016/S1097-2765(00)80477-3. ISSN 1097-2765.
- ^ Santangelo, TJ.; Artsimovitch, I. (May 2011). “Termination and antitermination: RNA polymerase runs a stop sign.”. Nat Rev Microbiol 9 (5): 319–29. doi:10.1038/nrmicro2560. PMC 3125153. PMID 21478900.
- ^ a b Watson, J. (2008). Molecular Biology of the Gene. Cold Spring Harbor Laboratory Press. pp. 410–411. ISBN 978-0-8053-9592-1
- ^ Rosonina, Emanuel; Kaneko, Syuzo; Manley, James L. (2006-05-01). “Terminating the transcript: breaking up is hard to do” (英語). Genes & Development 20 (9): 1050–1056. doi:10.1101/gad.1431606. ISSN 0890-9369. PMID 16651651.
- ^ Luo, W.; Bartley D. (2004). “A ribonucleolytic rat torpedoes RNA polymerase II”. Cell 119 (7): 911–914. doi:10.1016/j.cell.2004.11.041. PMID 15620350.
- ^ Luo, Weifei; Johnson, Arlen W.; Bentley, David L. (2006-04-15). “The role of Rat1 in coupling mRNA 3′-end processing to transcription termination: implications for a unified allosteric–torpedo model” (英語). Genes & Development 20 (8): 954–965. doi:10.1101/gad.1409106. ISSN 0890-9369. PMC 1472303. PMID 16598041.
外部リンク
- Terminator Sequence - MeSH・アメリカ国立医学図書館・生命科学用語シソーラス
 | この項目は、生物学に関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（プロジェクト:生命科学／Portal:生物学）。 |