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'''Fok1（Fok-1）'''とは、''Flavobacterium okeanokoitesに''自然に見られる酵素であり、[[N末端]]の[[DNA結合ドメイン]]と[[C末端]]の非特異的DNA切断ドメインからなるIIS型[[制限酵素]]である<ref name="Durai 2005">{{Cite journal|year=2005|title=Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells|url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/18/5978|journal=Nucleic Acids Res|volume=33|issue=18|pages=5978–90| |
'''Fok1（Fok-1）'''とは、''Flavobacterium okeanokoitesに''自然に見られる酵素であり、[[N末端]]の[[DNA結合ドメイン]]と[[C末端]]の非特異的DNA切断ドメインからなるIIS型[[制限酵素]]である<ref name="Durai 2005">{{Cite journal|year=2005|title=Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells|url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/18/5978|journal=Nucleic Acids Res|volume=33|issue=18|pages=5978–90|doi=10.1093/nar/gki912|pmid=16251401|pmc=1270952}}</ref>。[[分子量]]は65.4 kDaであり、587アミノ酸で構成される。Fok1がそのDNA結合ドメインによりDNA上の認識配列5'-GGATG-3'にて二本鎖DNAに結合すると、Fok1のDNA切断ドメインが活性化され、配列特異性なしに、認識部位に最も近い位置にあるヌクレオチド、片方のDNA鎖の9[[ヌクレオチド]]下流およびもう片方のDNA鎖の13ヌクレオチド上流を切断する<ref name="Wah 1998">{{Cite journal|last=Wah|first=D. A.|last2=Bitinaite, J.|last3=Schildkraut, I.|last4=Aggarwal, A. K.|year=1998|title=Structure of Fok1 has implications for DNA cleavage|journal=Proc Natl Acad Sci USA|volume=95|issue=18|pages=10564–9|doi=10.1073/pnas.95.18.10564|pmid=9724743|pmc=27934}}</ref>。 |
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== DNA結合ドメイン == |
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== DNA切断ドメイン == |
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DNA切断は非特異的切断ドメインによって行われる<ref name="Bitinaite 1998">{{Cite journal|last=Bitinaite|first=J.|last2=Wah, D. A.|last3=Aggarwal, A. K.|last4=Schildkraut, I.|year=1998|title=Fok1 dimerization is required for DNA cleavage|journal=Proc Natl Acad Sci USA|volume=95|issue=18|pages=10570–5| |
DNA切断は非特異的切断ドメインによって行われる<ref name="Bitinaite 1998">{{Cite journal|last=Bitinaite|first=J.|last2=Wah, D. A.|last3=Aggarwal, A. K.|last4=Schildkraut, I.|year=1998|title=Fok1 dimerization is required for DNA cleavage|journal=Proc Natl Acad Sci USA|volume=95|issue=18|pages=10570–5|doi=10.1073/pnas.95.18.10570|pmid=9724744|pmc=27935}}</ref>。このドメインでは、切断ドメインの平行ヘリックスα4およびα5とループP1およびP2によって二量体化形成面が形成される<ref name="Wah 1998" />。 |
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== 活性化 == |
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2020年1月25日 (土) 18:31時点における最新版
| Fok1のC末端ドメイン | |||||||||
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| 識別子 | |||||||||
| 略号 | Endonuc-Fok1_C | ||||||||
| Pfam | PF09254 | ||||||||
| Pfam clan | CL0415 | ||||||||
| InterPro | IPR015334 | ||||||||
| SCOP | 2fok | ||||||||
| SUPERFAMILY | 2fok | ||||||||
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Fok1（Fok-1）とは、Flavobacterium okeanokoitesに自然に見られる酵素であり、N末端のDNA結合ドメインとC末端の非特異的DNA切断ドメインからなるIIS型制限酵素である[2]。分子量は65.4 kDaであり、587アミノ酸で構成される。Fok1がそのDNA結合ドメインによりDNA上の認識配列5'-GGATG-3'にて二本鎖DNAに結合すると、Fok1のDNA切断ドメインが活性化され、配列特異性なしに、認識部位に最も近い位置にあるヌクレオチド、片方のDNA鎖の9ヌクレオチド下流およびもう片方のDNA鎖の13ヌクレオチド上流を切断する[3]。
DNA結合ドメイン[編集]
認識ドメインは、ヘリックスターンヘリックスを含むカタボライト遺伝子活性化タンパク質のDNA結合ドメインに進化的に関連する3つのサブドメイン（D1、D2、D3）で構成される[3]。
DNA切断ドメイン[編集]
DNA切断は非特異的切断ドメインによって行われる[4]。このドメインでは、切断ドメインの平行ヘリックスα4およびα5とループP1およびP2によって二量体化形成面が形成される[3]。
活性化[編集]
Fok1がDNAと結合していないとき、DNA切断ドメインはDNA結合ドメインによって隔離されている。DNA結合ドメインが標的DNAの認識部位に結合すると、DNA結合ドメインの立体構造が変化することによってDNA切断ドメインが開放される。認識ドメインが配列特異的にDNAに結合し、かつマグネシウムイオンが存在する場合、二量体化によって切断が起こる[4]。
利用[編集]
Fok1のDNA切断ドメインは、研究目的にて、ジンクフィンガー （ ジンクフィンガーヌクレアーゼを参照）[2]や不活性Cas9[5][6][7]などのさまざまなDNA結合ドメインと組み合わせて使用されている[7]。
脚注[編集]
- ^ Aggarwal, A. K.; Wah, D. A.; Hirsch, J. A.; Dorner, L. F.; Schildkraut, I. (1997). “Structure of the multimodular endonuclease Fok1 bound to DNA”. Nature 388 (6637): 97–100. doi:10.1038/40446. PMID 9214510.
- ^ a b “Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells”. Nucleic Acids Res 33 (18): 5978–90. (2005). doi:10.1093/nar/gki912. PMC 1270952. PMID 16251401.
- ^ a b c Wah, D. A.; Bitinaite, J.; Schildkraut, I.; Aggarwal, A. K. (1998). “Structure of Fok1 has implications for DNA cleavage”. Proc Natl Acad Sci USA 95 (18): 10564–9. doi:10.1073/pnas.95.18.10564. PMC 27934. PMID 9724743.
- ^ a b Bitinaite, J.; Wah, D. A.; Aggarwal, A. K.; Schildkraut, I. (1998). “Fok1 dimerization is required for DNA cleavage”. Proc Natl Acad Sci USA 95 (18): 10570–5. doi:10.1073/pnas.95.18.10570. PMC 27935. PMID 9724744.
- ^ Tsai, S. Q. et al. (2014). Dimeric CRISPR RNA-guided Fok1 nucleases for highly specific genome editing. Nature Biotechnol. 32, 569–576 doi:10.1038/nbt.2908
- ^ Guilinger, J. P., Thompson, D. B. & Liu, D. R. (2014). Fusion of catalytically inactive Cas9 to Fok1 nuclease improves the specificity of genome modification. Nature Biotechnol. 32, 577–582 doi:10.1038/nbt.2909
- ^ a b Wyvekens, N., Topkar, V. V., Khayter, C., Joung, J. K. & Tsai, S. Q. (2015). Dimeric CRISPR RNA-guided Fok1-dCas9 nucleases directed by truncated gRNAs for highly specific genome editing. Hum. Gene Ther. 26, 425–431 doi:10.1089/hum.2015.084