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走査型顕微鏡(そうさがたけんびきょう)とは機械的、電子的な走査の機構を備えた顕微鏡の総称。
光学顕微鏡の場合、回折限界以下に集束して走査することで分解能を高めることが可能。走査方法は試料のステージを機械的に移動して走査する方法や電子線を曲げることで走査する方法がある。