NXF1
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||
| 記号 | NXF1, MEX67, TAP, nuclear RNA export factor 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | OMIM: 602647 MGI: 1858330 HomoloGene: 38176 GeneCards: NXF1 | ||||||||||||||||||||||||
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| オルソログ | |||||||||||||||||||||||||
| 種 | ヒト | マウス | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (タンパク質) | |||||||||||||||||||||||||
| 場所 (UCSC) | Chr 11: 62.79 – 62.81 Mb | Chr 11: 8.73 – 8.75 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed検索 | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||
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NXF1（nuclear RNA export factor 1）は、ヒトではNXF1遺伝子によってコードされるタンパク質で、TAP（tip associating protein）という名称でも知られる[5][6]。
機能
[編集]| TAP_C | |||||||||
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 complex between tap uba domain and fxfg nucleoporin peptide | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| 略号 | TAP_C | ||||||||
| Pfam | PF03943 | ||||||||
| Pfam clan | CL0214 | ||||||||
| InterPro | IPR005637 | ||||||||
| SCOP | 1go5 | ||||||||
| SUPERFAMILY | 1go5 | ||||||||
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NXF1は核と細胞質を往復し、ポリアデニル化されたRNAにin vivoで結合して核外搬出を媒介する。NXF1は酵母のMex67pのホモログである[6][7]。NXF1はNXF（nuclear RNA export factor）ファミリーに属する。このファミリーに共通するドメイン構造は、非典型的RNP型RNA結合ドメイン（RBD）、4つのロイシンリッチリピート（LRR）、NTF2様ドメイン、UBA（ubiquitin-associated）ドメインである。NTF2様ドメインはNXT1とのヘテロ二量体化を可能にし、UBAドメインはヌクレオポリンとの相互作用を媒介する。C末端のUBAドメインを含む領域は、FGリピートを含む核膜孔タンパク質（FGヌクレオポリン）との結合に重要であり、核との往復の媒介に十分である[8][9]。このC末端領域は互いにパッキングした4本のαヘリックスから構成され、ヘリックス1、2、3の配置はUBAフォールドと類似している。隣接するモジュールとはプロリンに富む柔軟な12残基のリンカーで連結されている[8][9]。LRRとNTF2様ドメインは核外搬出活性に必要である。NXF1には選択的スプライシングによるバリアントが存在する。NXF1は飽和量のD型レトロウイルスCTE（constitutive transport element）RNAの存在によって引き起こされるmRNA核外輸送阻害に打ち勝つことができる[10]。マウスのNxf1遺伝子の特定のアレルは、内在性レトロウイルス（intracisternal A particle）のイントロンへの組み込みによって引き起こされる変異を抑制する[11][12]。
相互作用
[編集]NXF1は、TNPO2[13]、MAGOH[14]、U2AF1[15]、DHX9[16]、HuD[17]、NUP214[18][19]と相互作用することが示されている。
出典
[編集]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162231 - Ensembl, May 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000010097 - Ensembl, May 2017
- ^ Human PubMed Reference:
- ^ Mouse PubMed Reference:
- ^ “Tap: a novel cellular protein that interacts with tip of herpesvirus saimiri and induces lymphocyte aggregation”. Immunity 6 (5): 571–82. (May 1997). doi:10.1016/S1074-7613(00)80345-3. PMID 9175835.
- ^ a b “TAP, the human homolog of Mex67p, mediates CTE-dependent RNA export from the nucleus”. Molecular Cell 1 (5): 649–59. (April 1998). doi:10.1016/S1097-2765(00)80065-9. PMID 9660949.
- ^ “The Mex67p-mediated nuclear mRNA export pathway is conserved from yeast to human”. The EMBO Journal 18 (9): 2593–609. (May 1999). doi:10.1093/emboj/18.9.2593. PMC 1171339. PMID 10228171.
- ^ a b “Structure of the C-terminal FG-nucleoporin binding domain of Tap/NXF1”. Nature Structural Biology 9 (4): 247–51. (April 2002). doi:10.1038/nsb773. PMID 11875519.
- ^ a b “Prediction of structural domains of TAP reveals details of its interaction with p15 and nucleoporins”. EMBO Reports 1 (1): 53–8. (July 2000). doi:10.1093/embo-reports/kvd009. PMC 1083685. PMID 11256625.
- ^ “Entrez Gene: NXF1 nuclear RNA export factor 1”. 2020年12月20日閲覧。
- ^ “A natural allele of Nxf1 suppresses retrovirus insertional mutations”. Nature Genetics 35 (3): 221–8. (November 2003). doi:10.1038/ng1247. PMC 2756099. PMID 14517553.
- ^ “Multipotent genetic suppression of retrotransposon-induced mutations by Nxf1 through fine-tuning of alternative splicing”. PLOS Genetics 5 (5): e1000484. (May 2009). doi:10.1371/journal.pgen.1000484. PMC 2674570. PMID 19436707.
- ^ “Karyopherin beta 2B participates in mRNA export from the nucleus”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 99 (22): 14195–9. (October 2002). Bibcode: 2002PNAS...9914195S. doi:10.1073/pnas.212518199. PMC 137860. PMID 12384575.
- ^ “Magoh, a human homolog of Drosophila mago nashi protein, is a component of the splicing-dependent exon-exon junction complex”. The EMBO Journal 20 (22): 6424–33. (November 2001). doi:10.1093/emboj/20.22.6424. PMC 125744. PMID 11707413.
- ^ “U2AF participates in the binding of TAP (NXF1) to mRNA”. The Journal of Biological Chemistry 277 (6): 3935–42. (February 2002). doi:10.1074/jbc.M107598200. PMID 11724776.
- ^ “Specific interaction between RNA helicase A and Tap, two cellular proteins that bind to the constitutive transport element of type D retrovirus”. The Journal of Biological Chemistry 275 (42): 32694–700. (October 2000). doi:10.1074/jbc.M003933200. PMID 10924507.
- ^ “TAP/NXF1, the primary mRNA export receptor, specifically interacts with a neuronal RNA-binding protein HuD”. Biochemical and Biophysical Research Communications 321 (2): 291–7. (August 2004). doi:10.1016/j.bbrc.2004.06.140. PMID 15358174.
- ^ “TAP (NXF1) belongs to a multigene family of putative RNA export factors with a conserved modular architecture”. Molecular and Cellular Biology 20 (23): 8996–9008. (December 2000). doi:10.1128/MCB.20.23.8996-9008.2000. PMC 86553. PMID 11073998.
- ^ “In vitro analysis of nuclear transport mediated by the C-terminal shuttle domain of Tap”. The Journal of Biological Chemistry 276 (45): 42355–63. (November 2001). doi:10.1074/jbc.M103916200. PMID 11551912.
外部リンク
[編集]- PDBe-KB - ヒトNXF1に関してPDBで利用可能な全構造の概要