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ソリルブロバクター属

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』
ソリルブロバクター属
分類
ドメイン : 細菌
Bacteria
門 : 放線菌門
Actinomycetota
綱 : サーモレオフィラム綱
Thermoleophilia
目 : ソリルブロバクター目
Solirubrobacterales
科 : ソリルブロバクター科
Solirubrobacteraceae
属 : ソリルブロバクター属
Solirubrobacter
学名
Solirubrobacter
Singleton et al. 2003[1]
(IJSEMリストに記載 2003[2])
タイプ種
ソリルブロバクター・パウリ
Solirubrobacter pauli
Singleton et al. 2003[1]
(IJSEMリストに記載 2003[2])
下位分類（種）[11]

ソリルブロバクター属（Solirubrobacter）は、真正細菌の放線菌門サーモレオフィラム綱ソリルブロバクター目ソリルブロバクター科の属である[11][12]。2023年現在、ソリルブロバクター科の唯一の属である。

名称

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Solirubrobacterは、ラテン語で「土壌」を意味する"solum"と、「ルブロバクター属」の学名"Rubrobacter"を組み合わせた造語であり、「ルブロバクター属様の土壌由来の細菌」を意味する。

特徴

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細胞長が中程度のグラム陽性桿菌。非運動性、非胞子形成性、好気性、中温性、カタラーゼ陽性及びオキシダーゼ陰性である。炭素源として一般的な砂糖と数種類のアミノ酸のみで良好に生育する。乾燥に感受性を持つ[1]。

主要な脂肪酸はC18 : 1ω9c及びiso-C16 : 0であり、DNAのGC含量は71.5–71.8 mol%であることも生化学的特徴である[3]。

種

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ソリルブロバクター・パウリ（Solirubrobacter pauli）

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pauliは、著名な土壌微生物学者Eldor A. Paulに因んで新たに造られたラテン語名詞である。

1.4×0.7μmの桿菌で、長い鎖状に成長する。コロニーは凸状の円形で、ピンク色である。タイプ株B33D1T(ATCC BAA-492T、DSM 14954T)のGC含量は71.8mol%である。主要な脂肪酸はi16:0(54%)と18:1ω9c(36%)である。pH 6.0–7.5且つ19–38℃で生育し、至適条件はpH 6.5且つ28–30℃である[1]。

タイプ株はB33D1T(ATCC BAA-492T、DSM 14954T)である。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はAY039806である[1]。

Solirubrobacter soli

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"soli"は、ラテン語で「土壌」を意味する中性名詞である。この命名は、タイプ株が韓国大田広域市の朝鮮人参栽培土壌から発見されたことに由来する。

グラム陽性、好気性、非運動性、無色素、カタラーゼ陽性、オキシダーゼ弱陽性の桿菌である。25～30℃且つ塩化ナトリウム濃度1.5%(w/v)以下で生育する。30℃でR2A寒天培地で培養できる。主要なキノンはMK-7(H4)で、主要な脂肪酸はC16:0 iso(26.7%)とC18:1 ω9c(18.3 %)である。GC含量は71.5mol%である。

タイプ株はGsoil 355T(KCTC 12628T、LMG 23485T)である。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はAB245334である[7]。

Solirubrobacter ginsenosidimutans

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ginsenosidimutansは、新ラテン語で「ジンセノサイド」を意味する"ginsenosidum"と、ラテン語で「変換する」を意味する形容詞"mutans"を組み合わせた造語であり、新ラテン語で「ジンセノサイドを変換する」を意味する形容詞となる。

グラム陽性、非運動性、非胞子形成性、カタラーゼ及びオキシダーゼ陽性の好気性桿菌であり、細胞の幅0.4～0.6µmで長さ1.8～2.5µmである。コロニーは直径0.6～1.2mmで平滑な円形凸状で黄色い。18～37℃(最適 30℃)且つpH6.0～7.0(最適pH7.0)且つ塩化ナトリウム濃度1.0%(w/v)未満で生育するが、10℃以下又は42℃以上では生育しない。栄養寒天培地又はトリプチケースソイ寒天培地で培養可能だが、マッコンキー寒天培地では培養できない。主要なメナキノンはMK-7(H4)である。脂質プロファイルではC18:1ω9c、iso-C16:0、C18:3ω6,9,12c及びiso-C16:0 3-OHが主要(>7 %)である。

タイプ株はBXN5-15T(KACC 20671T、LMG 24459T)である。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はEU332825である[3]。

Solirubrobacter phytolaccae

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phytolaccaeは、ヤマゴボウ属の学名"Phytolacca"に因んで造られた新語である。

細胞は0.4–0.5×1.5–2.8µmで、カタラーゼ陽性、オキシダーゼ陰性である。R2A寒天培地で2日間培養したコロニーは平滑な白色円形凸状の直径0.5～1.5mmである。生育条件は15～33℃(最適は28～30℃)、pH6.0～9.0(最適はpH7.0～8.0)、及び塩化ナトリウム濃度0～0.5%(w/v)(最適は0%)である。

カゼイン、ゼラチン、エスクリンを加水分解し、デンプン、チロシン、カルボキシメチルセルロース、キチンは加水分解しない。硝酸塩の還元、硫化水素とインドールの生成、グルコースの酸性化、クエン酸の利用、アルギニンジヒドロラーゼ及びウレアーゼの活性についての試験では陰性である。メナキノンはMK-7(H4)のみである。脂肪酸プロファイルではC16:0、C18:1ω9c、C17:1ω8c、C18:3ω6c (6,9,12)及びC17:1ω6cが主要(>5 %)である。GC含量は71.0mol%である。

タイプ株はGTGR-8T(CCTCC AB 2013011T、KCTC 29190T)である。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はKF459924である[5]。

Solirubrobacter taibaiensis

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taibaiensisは、この細菌が最初に発見された中国陝西省の太白山（Taibai Mountain）に因んで造られた造語である。

グラム陽性、偏性好気性、非運動性桿菌である。至適生育条件は28～30℃、pH7.5～8.0、塩化ナトリウム非存在下である。主要なキノンはMK-7(H4)で、主要な脂肪酸はiso-C16:0(35.8%)、C18:1ω9c(17.7%)、C17:1ω6c(11.0%)、C17:1ω8c(7.8%)及びC18:3ω6c (6, 9, 12)(7.2%)である。GC含量は71.6mol%である。

タイプ株はGTJR-20T(CCTCC AB 2013308T、KCTC 29222T)である。この株の16S rRNA遺伝子配列のGenBank/EMBL/DDBJアクセッション番号はKF551107である[9]。

系統樹

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Linfang Weiらによって、16S rRNA遺伝子配列に基づく、ソリルブロバクター属及びその近縁種の系統樹が作成され2014年に発表された[5]。

 
 
 
 
 
 
 

ソリルブロバクター・パウリ (Solirubrobacter pauli)(タイプ種)

 
 

Solirubrobacter phytolaccae

 
 
 
 

Solirubrobacter ginsenosidimutans

 
 

ソリルブロバクター・ソリ (Solirubrobacter soli)

 
 
 
 
 

コネキシバクター・ウーゼイ(Conexibacter woesei)

 
 

Conexibacter arvalis

 
 
 
 
 

Patulibacter ginsengiterrae

 
 
 

パツリバクター・ミナトネンシス(Patulibacter minatonensis)

 
 

パツリバクター・アメリカヌス(Patulibacter americanus)

 
 
 
 
 
 

サーモレオフィラム・ミニュタム(Thermoleophilum minutum)

 
 

サーモレオフィラム・アルバム(Thermoleophilum album)

 
 
 
 
 

ルブロバクター・ラディオトレランス (Rubrobacter radiotolerans)

 
 
 

ルブロバクター・キシラノフィラス(Rubrobacter xylanophilus)

 
 

ルブロバクター・タイワネンシス(Rubrobacter taiwanensis)

 
 
 
 
 

マイクロコッカス・ルテウス (Micrococcus luteus)

 

歴史

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2003年に、米国ジョージア州の農業用土壌のアカミミズ（Lumbricus rubellus）の巣穴から分離された新種細菌ソリルブロバクター・パウリ（Solirubrobacter pauli）の報告とともにルブロバクター亜綱（Rubrobacteridae）ルブロバクター目（Rubrobacterales）内の分類項目としてソリルブロバクター属が新設された[1]。

2007年に韓国大田広域市の朝鮮人参栽培土壌からソリルブロバクター・ソリ（Solirubrobacter soli）が発見された[7]。

2009年にルブロバクター亜綱内でソリルブロバクター目（Solirubrobacterales）が新設され、ルブロバクター目から移転した。

2011年に中国の白頭山の朝鮮人参栽培土壌からSolirubrobacter ginsenosidimutansが発見された[3]。

2012年にルブロバクター亜綱の分析に基づきルブロバクター綱（Rubrobacteria）とサーモレオフィラム綱（Thermoleophilia）が新設された。このとき、サーモレオフィラム綱にサーモレオフィラム目（Thermoleophilales）とソリルブロバクター目が割り当てられた[13]。

2014年に、中国陝西省の太白山で採取されたヤマゴボウ（Phytolacca acinosa）からSolirubrobacter phytolaccae[5]とSolirubrobacter taibaiensis[9]が発見された。

脚注

[編集]
[脚注の使い方]
  1. ^ a b c d e f g David R. Singleton, Michelle A. Furlong, Aaron D. Peacock, David C. White, David C. Coleman, William B. Whitman. “Solirubrobacter pauli gen. nov., sp. nov., a mesophilic bacterium within the Rubrobacteridae related to common soil clones.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (Pt 2): 485-490. doi:10.1099/ijs.0.02438-0. PMID 12710617. 
  2. ^ a b c “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 53, part 2, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (4): 939-940. (01 July 2003). doi:10.1099/ijs.0.02848-0. 
  3. ^ a b c d Dong-Shan An, Liang Wang, Minseok S. Kim, Heon-Meen Bae, Sung-Taik Lee, Wan-Taek Im (01 November 2011). “Solirubrobacter ginsenosidimutans sp. nov., isolated from soil of a ginseng field”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 61 (11): 2606-2609. doi:10.1099/ijs.0.028431-0. PMID 21148679. 
  4. ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 61, part 11, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 62 (2). (01 February 2012). doi:10.1099/ijs.0.040212-0. 
  5. ^ a b c d Linfang Wei, Shan Ouyang, Yao Wang, Xihui Shen, Lei Zhang (01 March 2014). “Solirubrobacter phytolaccae sp. nov., an endophytic bacterium isolated from roots of Phytolacca acinosa Roxb.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64 (Pt_3): 858-862. doi:10.1099/ijs.0.057554-0. PMID 24254741. 
  6. ^ Aharon Oren, George M. Garrity (01 June 2014). “Notification that new names of prokaryotes, new combinations and new taxonomic opinions have appeared in volume 64, part 3, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64 (Pt_6): 1827-1829. doi:10.1099/ijs.0.064519-0. 
  7. ^ a b c Myung Kyum Kim, Ju-Ryun Na, Tae-Hoo Lee, Wan-Taek Im, Nak-Kyun Soung, Deok-Chun Yang (July 2007). “Solirubrobacter soli sp. nov., isolated from soil of a ginseng field.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (Pt 7): 1453–5. doi:10.1099/ijs.0.64715-0. PMID 17625174. 
  8. ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 57, part 7, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (10): 2189-2190. (01 October 2007). doi:10.1099/ijs.0.65508-0. 
  9. ^ a b c Lei Zhang, Lingfang Zhu, Meiru Si, Changfu Li, Liang Zhao, Yahong Wei & Xihui Shen (21 May 2014). “Solirubrobacter taibaiensis sp. nov., isolated from a stem of Phytolacca acinosa Roxb.”. Antonie van Leeuwenhoek 106 (2): 279–285. doi:10.1007/s10482-014-0194-4. PMID 24846053. 
  10. ^ Aharon Oren, George M. Garrity (01 November 2014). “List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64 (Pt_11). doi:10.1099/ijs.0.070847-0. 
  11. ^ a b “Genus Solirubrobacter”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (henceforth abbreviated LPSN). 2023年1月22日閲覧。
  12. ^ “Taxonomy - Solirubrobacter (genus)”. UniProt. 2023年1月22日閲覧。
  13. ^ Bärbel U. Foesel, Alicia Geppert, Manfred Rohde, Jörg Overmann (01 February 2016). “Parviterribacter kavangonensis gen. nov., sp. nov. and Parviterribacter multiflagellatus sp. nov., novel members of Parviterribacteraceae fam. nov. within the order Solirubrobacterales, and emended descriptions of the classes Thermoleophilia and Rubrobacteria and their orders and families”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66 (2): 652-665. doi:10.1099/ijsem.0.000770. PMID 26582010. 

参考文献

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  • Singleton, DR; Furlong, MA; Peacock, AD; White, DC; Coleman, DC; Whitman, WB (March 2003). “Solirubrobacter pauli gen. nov., sp. nov., a mesophilic bacterium within the Rubrobacteridae related to common soil clones.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (Pt 2): 485–90. doi:10.1099/ijs.0.02438-0. PMID 12710617. 
  • Kim, MK; Na, JR; Lee, TH; Im, WT; Soung, NK; Yang, DC (July 2007). “Solirubrobacter soli sp. nov., isolated from soil of a ginseng field.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 57 (Pt 7): 1453–5. doi:10.1099/ijs.0.64715-0. PMID 17625174. 
  • Zhang, Lei; Zhu, Lingfang; Si, Meiru; Li, Changfu; Zhao, Liang; Wei, Yahong; Shen, Xihui (21 May 2014). “Solirubrobacter taibaiensis sp. nov., isolated from a stem of Phytolacca acinosa Roxb.”. Antonie van Leeuwenhoek 106 (2): 279–285. doi:10.1007/s10482-014-0194-4. PMID 24846053. 
  • Whitman, William B.; Goodfellow, Michael; Kämpfer, Peter; Busse, Hans-Jürgen; Trujillo, Martha E.; Ludwig, Wolfgang; Suzuki, Ken-ichiro (2012) (英語). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: Volume 5: The Actinobacteria. Springer Science & Business Media. ISBN 9780387682334 
  • Goldman, Emanuel; Green, Lorrence H. (2008) (英語). Practical Handbook of Microbiology, Second Edition. CRC Press. ISBN 9781420009330 
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