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EcoRIIは[[細菌|真正細菌]]のタイプIIE <ref name="pmid12654995">{{Cite journal|year=2003|title=A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes|journal=Nucleic Acids Res.|volume=31|issue=7|pages=1805–12| |
EcoRIIは[[細菌|真正細菌]]のタイプIIE <ref name="pmid12654995">{{Cite journal|year=2003|title=A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes|journal=Nucleic Acids Res.|volume=31|issue=7|pages=1805–12|doi=10.1093/nar/gkg274|pmid=12654995|pmc=152790}} [http://nar.oxfordjournals.org/cgi/reprint/31/7/1805.pdf PDF]</ref> [[制限酵素|REase]]である。疑似回文構造の[[デオキシリボ核酸|DNA]] [[制限酵素|認識配列]] 5' - [[シトシン|CC]] W [[グアニン|GG]] - 3' （W = [[アデニン|A]]または[[チミン|T]] ）の2個<ref name="pmid10903314">{{Cite journal|year=2000|title=Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage|journal=J. Biol. Chem.|volume=275|issue=39|pages=30631–7|doi=10.1074/jbc.M003904200|pmid=10903314}}[http://www.jbc.org/cgi/reprint/275/39/30631.pdf PDF]</ref>または[http://pubs.acs.org/isubscribe/journals/bichaw/46/i39/figures/bi701123un00001.gif 3個] <ref name="pmid17845057">{{Cite journal|year=2007|title=Direct visualization of the EcoRII-DNA triple synaptic complex by atomic force microscopy|journal=Biochemistry|volume=46|issue=39|pages=11128–36|doi=10.1021/bi701123u|pmid=17845057}}</ref> （このうち1個は実際に標的を切断し、残りは[[アロステリック効果|アロステリックアクチベーター]]として機能する）と相互作用する。 EcoRIIは、[[粘着末端]]を生成する標的[[デオキシリボ核酸|DNA]]配列CCWGGを切断する<ref name="isbn0-7167-3520-2">{{Cite book|last=Griffiths, Anthony J. F.|title=An Introduction to genetic analysis|publisher=W.H. Freeman|location=San Francisco|year=1999|pages=|isbn=978-0-7167-3520-5|oclc=|doi=}}</ref>。 |
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== 切断様式の図式 == |
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EcoRIIの構造[[点突然変異|変異体]] R88A（ {{PDB|1NA6}} ）の[[三次構造|アポ状態]]の[[X線結晶構造解析|結晶構造]] <ref name="Zhou_2004">{{Cite journal|year=2004|title=Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold|journal=J. Mol. Biol.|volume=335|issue=1|pages=307–19| |
EcoRIIの構造[[点突然変異|変異体]] R88A（ {{PDB|1NA6}} ）の[[三次構造|アポ状態]]の[[X線結晶構造解析|結晶構造]] <ref name="Zhou_2004">{{Cite journal|year=2004|title=Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold|journal=J. Mol. Biol.|volume=335|issue=1|pages=307–19|doi=10.1016/j.jmb.2003.10.030|pmid=14659759}}</ref> は、2.1[[オングストローム|Å]]の分解能で解明されている。EcoRIIの単量体は、[[ターン (生化学)|ヒンジループ]]を介して結合された[[N末端]]及び[[C末端]][[タンパク質ドメイン|ドメイン]]で構成されている。 |
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=== エフェクター結合ドメイン === |
=== エフェクター結合ドメイン === |
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N末端の[[エフェクター (生化学)|エフェクター]][[DNA結合ドメイン|結合ドメイン]]は、顕著な[[モチーフ (生物学)|裂溝]]を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。 |
N末端の[[エフェクター (生化学)|エフェクター]][[DNA結合ドメイン|結合ドメイン]]は、顕著な[[モチーフ (生物学)|裂溝]]を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。 |
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* B3 DNA結合ドメイン （SCOP 117343）：高等植物における[[転写因子]]（ {{PDB|1WID}} ）の構成ドメイン <ref name="pmid15548737">{{Cite journal|year=2004|title=Solution structure of the B3 DNA binding domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1|journal=Plant Cell|volume=16|issue=12|pages=3448–59| |
* B3 DNA結合ドメイン （SCOP 117343）：高等植物における[[転写因子]]（ {{PDB|1WID}} ）の構成ドメイン <ref name="pmid15548737">{{Cite journal|year=2004|title=Solution structure of the B3 DNA binding domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1|journal=Plant Cell|volume=16|issue=12|pages=3448–59|doi=10.1105/tpc.104.026112|pmid=15548737|pmc=535885}}[http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=535885&blobtype=pdf PDF]</ref> |
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* [[制限酵素]]BfiIのC末端ドメイン <ref name="BfiI">{{Cite web|url=http://rebase.neb.com/rebase/enz/BfiI.html|title=BfiI|accessdate=2008-03-23|author=Richard J. Roberts|date=|website=REBASE - The Restriction Enzyme Database|publisher=|pages=|language=|archiveurl=|archivedate=|quote=}}</ref> （{{PDB|2C1L}} ） <ref name="pmid16247004">{{Cite journal|year=2005|title=Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease|url=http://bib-pubdb1.desy.de/record/138680/files/2005_Grazulis_15797.pdf|journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.|volume=102|issue=44|pages=15797–802| |
* [[制限酵素]]BfiIのC末端ドメイン <ref name="BfiI">{{Cite web|url=http://rebase.neb.com/rebase/enz/BfiI.html|title=BfiI|accessdate=2008-03-23|author=Richard J. Roberts|date=|website=REBASE - The Restriction Enzyme Database|publisher=|pages=|language=|archiveurl=|archivedate=|quote=}}</ref> （{{PDB|2C1L}} ） <ref name="pmid16247004">{{Cite journal|year=2005|title=Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease|url=http://bib-pubdb1.desy.de/record/138680/files/2005_Grazulis_15797.pdf|journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.|volume=102|issue=44|pages=15797–802|doi=10.1073/pnas.0507949102|pmid=16247004|pmc=1266039}} [http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=1266039&blobtype=pdf PDF]</ref> |
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=== 触媒ドメイン === |
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C末端[[ヌクレアーゼ|触媒ドメイン]]は、典型的な制限酵素様フォールド（ SCOP 52979 ）を持ち<ref name="pmid17369272">{{Cite journal|year=2007|title=Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core|journal=Nucleic Acids Research|volume=35|issue=7|pages=2227–37| |
C末端[[ヌクレアーゼ|触媒ドメイン]]は、典型的な制限酵素様フォールド（ SCOP 52979 ）を持ち<ref name="pmid17369272">{{Cite journal|year=2007|title=Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core|journal=Nucleic Acids Research|volume=35|issue=7|pages=2227–37|doi=10.1093/nar/gkm045|pmid=17369272|pmc=1874628}}</ref>、30を超える巨大な[[制限酵素]][[スーパーファミリー]]（ SCOP 52980 ）の構成タンパク質の一つである。 |
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== 外部リンク == |
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2020年1月25日 (土) 18:29時点における版
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EcoRII （えこあーるつー）とは、Escherichia coliで見られる制限修飾系（RM）の制限酵素（REase）である。その分子量は45.2 kDaであり、402残基のアミノ酸で構成されている[1]。
活性型
EcoRIIは真正細菌のタイプIIE [2] REaseである。疑似回文構造のDNA 認識配列 5' - CC W GG - 3' （W = AまたはT ）の2個[3]または3個 [4] （このうち1個は実際に標的を切断し、残りはアロステリックアクチベーターとして機能する）と相互作用する。 EcoRIIは、粘着末端を生成する標的DNA配列CCWGGを切断する[5]。
切断様式の図式
| 認識部位 | 切断結果 |
5 'NN CCWGG NN 3 'NN GGWCC NN |
5 'NN CCWGG NN 3 'NN GGWCC NN |
構造
| EcoRIIのN末端ドメイン | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 制限酵素EcoRIIの突然変異体r88aの結晶構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| 略号 | EcoRII-N | ||||||||
| Pfam | PF09217 | ||||||||
| Pfam clan | CL0405 | ||||||||
| InterPro | IPR015300 | ||||||||
| SCOP | 1na6 | ||||||||
| SUPERFAMILY | 1na6 | ||||||||
| |||||||||
| EcoRIIのC末端ドメイン | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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制限酵素EcoRIIの突然変異体r88aの結晶構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| 略号 | EcoRII-C | ||||||||
| Pfam | PF09019 | ||||||||
| Pfam clan | CL0236 | ||||||||
| InterPro | IPR015109 | ||||||||
| |||||||||
EcoRIIの構造変異体 R88A（ PDB: 1NA6 ）のアポ状態の結晶構造 [6] は、2.1Åの分解能で解明されている。EcoRIIの単量体は、ヒンジループを介して結合されたN末端及びC末端ドメインで構成されている。
エフェクター結合ドメイン
N末端のエフェクター結合ドメインは、顕著な裂溝を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。
- B3 DNA結合ドメイン （SCOP 117343）：高等植物における転写因子（ PDB: 1WID ）の構成ドメイン [7]
- 制限酵素BfiIのC末端ドメイン [8] （PDB: 2C1L ） [9]
触媒ドメイン
C末端触媒ドメインは、典型的な制限酵素様フォールド（ SCOP 52979 ）を持ち[10]、30を超える巨大な制限酵素スーパーファミリー（ SCOP 52980 ）の構成タンパク質の一つである。
外部リンク
- 制限酵素データベースREBASE
脚注
- ^ Richard J. Roberts. “EcoRII”. REBASE - The Restriction Enzyme Database. 2008年3月23日閲覧。
- ^ “A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes”. Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. (2003). doi:10.1093/nar/gkg274. PMC 152790. PMID 12654995. PDF
- ^ “Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage”. J. Biol. Chem. 275 (39): 30631–7. (2000). doi:10.1074/jbc.M003904200. PMID 10903314.PDF
- ^ “Direct visualization of the EcoRII-DNA triple synaptic complex by atomic force microscopy”. Biochemistry 46 (39): 11128–36. (2007). doi:10.1021/bi701123u. PMID 17845057.
- ^ Griffiths, Anthony J. F. (1999). An Introduction to genetic analysis. San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 978-0-7167-3520-5
- ^ “Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold”. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. (2004). doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
- ^ “Solution structure of the B3 DNA binding domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1”. Plant Cell 16 (12): 3448–59. (2004). doi:10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737.PDF
- ^ Richard J. Roberts. “BfiI”. REBASE - The Restriction Enzyme Database. 2008年3月23日閲覧。
- ^ “Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (44): 15797–802. (2005). doi:10.1073/pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004. PDF
- ^ “Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core”. Nucleic Acids Research 35 (7): 2227–37. (2007). doi:10.1093/nar/gkm045. PMC 1874628. PMID 17369272.