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日本キリスト教史（にほんキリストきょうし）では、日本におけるキリスト教の歴史とその展開について述べる。日本にいつキリスト教が到来したか？ということに関しては、ネストリウス派キリスト教（中国で景教と呼ばれたもの）が5世紀頃、秦河勝などによって日本に伝えられたとする説・研究がある。ただし、歴史的証拠や文書による記録が少なく、はっきりしない点も多い。

歴史的・学問的に見て証拠が多く、日本史教科書などで、キリスト教の日本への最初の伝来とされているのは、カトリック教会の一派、イエズス会のフランシスコ・ザビエルによる布教である。戦国時代のさなか、1549年のことであり、当初は、ザビエル達イエズス会の宣教師のみで、キリスト教布教が開始された、とされている。

宣教師たちは、日本人と衝突を起こしながらも布教を続け、時の権力者織田信長の庇護を受けることにも成功し、順調に信者を増やした。しかし豊臣秀吉の安土桃山時代には、勢力を拡大したキリスト教徒が、仏教徒や神道徒を迫害する事例が増え、これを憂慮した秀吉は、バテレン追放令を発布し、宣教を禁止したという。しかし、この時は南蛮貿易の利益が優先され、また下手に弾圧すると、九州征伐で平定したばかりの九州での反乱が考えられたため（当時の日本では、特に宣教開始の地である、九州地方でキリシタン大名や信者（キリシタン）が多かった）、本格的な追放は行われず、宣教活動は半ば黙認されていた。だが、サン＝フェリペ号事件が起きたころ、秀吉はキリスト教の本格的な弾圧を開始した。