ノート:古細菌

この「古細菌」は、下記のような選考・審査を経て良質な記事に選出されています。さらなる加筆と改善によって、秀逸な記事となるような編集を歓迎します。

	日付	選考・審査	結果
1.	2008年2月12日	査読依頼
2.	2008年3月20日	月間強化記事賞	受賞・良質な記事自動選出
3.	2009年11月22日	査読依頼

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好熱菌と好熱古細菌は別に分けたほうが良いでしょうか？ 好熱菌だと真正細菌も入ってきますし、といって超好熱菌に入る真正細菌もいます。 アドバイスのほうよろしくお願いします。 利用者:Juanita

ええと、古細菌の分類は資料によって様々で、統一的な見解は無い様です。 そのため、あまり特定の分類方法に固執すべきではないと思います。
一案としては、好熱菌を古細菌に入れた上で、 「最近、真正細菌に属する好熱菌も見つかっている」と注釈をつける程度で、 良いのではないでしょうか。

ちなみに古細菌の分類は混沌としています。 本文では

• Euryarchaeota(ユリアーキオータ門（界）)
• Crenarchaeota(クレンアーキオータ門（界）)
• Korarchaeota(コルアーキオータ門（界）)

としていますが（門を入れたのは英語版wikiを参考にしました）、Wooseは

• Crenarchaeota
• Euryarchaeota

の2界のみを提案していると『岩波　生物学辞典　第4版』には書いてありますし、 同じ『岩波　生物学辞典　第4版』の国際細菌分類命名委員会にリストを元にした分類では、 界、門での分類の代わりに

• メタン生成古細菌
• 高度好塩古細菌
• 好熱、好酸、あるいはS依存性古細菌

の元に目、科が入っています(この3分類は本文の3門(界)と同じかもしれませんが、良く分からず)。

ちなみに5界説の提唱者リン･マルグリス著の『五つの王国』では好熱菌はモネラ界の硫黄細菌門に分類されてます。余計、混乱させてしまった感がありますが、ご参考まで。Azu 15:31 2004年2月17日 (UTC)

アドバイスのほうありがとうございます。参考になりました。Azuさんの利用者ノートのほうに書いてしまったのですが、2004年3月にパブリケーションされる論文にはPhylum Crenarchaeotaとなっています。一応現在は好熱菌は微生物というあいまいな定義を用いているのですが、細菌、古細菌、菌類等等、ちゃんと書いたほうが良いかもしれません。

一応、参考にしているのは『古細菌の生物学』という本なので、分類などに関しては比較的信頼できるとは思いますが、なにぶん古い本(1998年初版)なので注意することにしてます。

• メタン生成古細菌
• 高度好塩古細菌
• 好熱、好酸、あるいはS依存性古細菌

上記の分類がなされていたのは、僕の持っている本では1997年第二版の『古細菌』だったので、現在では使用していないと思います。 まぁ、確証はありませんがこの辺りの分類階級の位置づけはおそらく『綱』辺りになるかと思います。

Crenarchaeota、Euryarchaeotaの門(界)については、一応Azuさんの回答を待って記事を書き込むことにします。KorarchaeotaについてWoeseは提唱していないのですが、一応生存個体がハイブリダイゼーションで確認されているのと、英語版wikiで取り上げられていたので追加しました。英語版には更にNanoarchaeotaなるものもありましたが…。

ともかく、回答のほうありがとうございました。Juanita 9:05 2004年2月18日(UTC)

了解しました。最近の論文でPhylumという記述があるとのこと、基本的に門で良いのでは無いかと思います。ただ、古細菌本文には、門（界）としてWooseの「界」の見解も残しておいた方が着実だと思います。あまり新しい知識無く、コメントしていて恥ずかしい限りですが、今後ともよろしくお願いします。
Azu 03:12 2004年2月18日 (UTC)

とりあえず、クレンアーキ、ユリアーキ…の分類階級は門(界)で登録することにします。アドバイスのほうありがとうございました。また、ナノアーキオータも英語版に習って追加しました。こっちはコルアーキと違ってNanoarchaeum equitansという学名までついているので、確実かと思われます。微生物関係のみお手伝いすることになると思いますが、こちらこそ今後ともよろしくお願いします。Juanita23:39 2004年2月18日(UTC)

記事中や内部では門(界)で良いと思いますが項目名はユリアーキオータ門として、ユリアーキオータ界ユリアーキオータ門（界）からのリダイレクトが良いと思います。Azuさんの意見もそうなっていると思うのですが…「基本的に門」、「本文中では門（界）」と。項目名で()をつけて併記をすることはいろいろな理由から推奨されていません。どちら科と言えば門が良いのでしたら門に移動すべきと思います。Suisui 09:57 2004年2月20日 (UTC) 　追記 - 移動はコピー&ペーストしなくてもWikipediaの機能を使ってできます。Suisui 10:00 2004年2月20日 (UTC)

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すいません、先ほども別方面からから同様のご指摘がありました。確かに基本的に『門』本文中では･･･とかいてますね。お恥ずかしいです。今は諸事情で分類階級を取った形で記事にしているのですが、とりあえず

• ユリアーキオータ門
• クレンアーキオータ門

でいきたいと思います。 お騒がせしてすいませんでした。Juanita 19:01 2004年2月20日(UTC)

正式でない菌名の扱い

ナノアーキオータとコルアーキオータについて調べてみたところ、どちらも国際細菌命名規約で正式発表とされるために必要な手続きをまだしていません。つまり2つの門（界）とNanoarchaeum equitansという学名は、正式にはまだ存在していないとみなされてしまうわけで、名前が無視されても仕方がない状態にあるわけです。でもせっかく書かれた記事がもったいないし、今後正式発表される可能性も無くはないので、とりあえず正式でない学名を表記する方法の慣習にのっとって菌名を表記してはいかがでしょうか。

そういう場合は、イタリック体にせず“”（ダブルクォーテーション）で囲って、例えば“Nanoarchaeum equitans”とか“Korarchaeota”と書きます。記事の本文にもその旨書いておくと読む人にもわかりやすいと思います。

学名が正式かどうかは一般の方には関係ないかもしれませんが、Wikipediaの方針の中にあるように専門家からみても正確に書く、ということを目指すには必要と考えます。皆さんのご意見はいかがでしょうか？--Salix 2007年8月2日 (木) 02:42 (UTC)

「古細菌」の名称

「始原菌」に関する記載を（名無しで）大幅に縮小したところ、Crionさんが即座に元に戻しておられるので、議論をお願いします。命名に関しては強いこだわりを持っている方が多くもめやすいので、正式ログインをせずに書き飛ばすべきではなかったと反省しています。

もうずいぶん前から一部のグループが始原菌という名称を強く推していたことは承知していますが、そういった極めて限定された方々を除いてほぼ全く使用されていないと思います。これだけ長期間宣伝して定着しないのですから、この提唱は世間に受け入れられなかったとみるべきでしょう。実際、本文中でも「始原菌という用語はそれ程定着せず」とも書かれています。にもかかわらず、古細菌と併置して和名としたり、先頭の概要部分で強調表示までするのは中立性を欠くと感じますがいかがでしょうか？

「それなりに使用されている」とのコメントを添えて戻しておられますが、以上のような私の実感と異なりますので、もう少しはっきりした根拠を示していただけませんか。ちなみにですが、goo辞書（大辞林）や英辞郎、専門家が使うWebLSDなども見てみましたが、古細菌は入っているものの始原菌は出てきませんでした。--R-typer 2008年6月3日 (火) 11:45 (UTC)

メッセージありがとうございます。私は「始原菌」の利用者は少数ではあるが居なくは無いと思っています。はっきりした根拠を示せと言われると困るのですが、一応この間行われた某学会でも2,3人が使っていました。「古細菌」は10人くらい、「アーキア」はそれ以上だった印象があります。googleでの検索結果でも、「''始原菌''」は「''古細菌''」の十分の一程度のヒット数はあります。その上で、「Wikipedia:スタイルマニュアル (導入部)」を参照してください。==導入部==の節に「導入部で、リダイレクト元になりうる別名を太字で書く」とあります。上記を踏まえると始原菌はリダイレクト元になりうる可能性があり、導入部太字で書く必要があると私は思います（ちなみに現在一件だけですが、「始原菌」へのリンクがあり（つまりリダイレクト元になっている）、上記条件を満たしています。この文を書いた後に古細菌への変更を行う予定ですが修正完了）。テンプレート内の「和名」に関しては譲歩し、除去します。--Crion 2008年6月3日 (火) 13:11 (UTC)

早速お返事いただき恐れ入ります。また、専門の方が啓蒙活動をしておられることにも敬意を表します。リダイレクト元になりうる可能性等、事情は理解しましたが、なおも疑問点がありますのでもう一度書かせてください。

私の論点は、使用者が少数でもいるということではなく、始原菌という言葉を使っているのはがおそらくほぼ特定の関係者のみで今後使用が拡大する見込みは既になく、本項目の導入部で一定の勢力であるかのように取り上げることは、事情をご存じない一般の方にとってはもはや「混乱」の原因でしかないだろうという点です。昨年の分子生物学会年会のポスタータイトルがPDFで見られたので検索してみましたが、古細菌はかなりあるものの始原菌はゼロでした。たまたま目についたある古細菌系の研究会のプログラムでは、一件だけ始原菌が出てきて、まさに上記の特定のグループでした（個人を特定したくないのであえてどの会とは書きません）。呼称のセクションで過去の経緯を記載するのは問題ないと思いますが、このような状況で一部の研究者のこだわりに配慮して冒頭で併記することが妥当かどうかは、やはり疑問を感じます。微妙な点を含む問題ですので、他の方のご意見もあるとよいのですが。--R-typer 2008年6月3日 (火) 14:22 (UTC)

この程度の記述で混乱しますかね？冒頭定義で述べてしまった方が、むしろ聞きなれない「始原菌」で検索して来た方に優しいと思いますが。ただ現状だと始原菌が一定の勢力を持っているようにも読めるので、それに対してはやや手を入れてみました。これ以上の修正に関しては他の方の意見も待ってみたいと思います。--Crion 2008年6月3日 (火) 15:51 (UTC)

どうも色々とありがとうございます。非常に抑制的な表現になっていると思います。私とCrionさんの感じ方の差はそれぞれの経験や参加している分野の違いでしょうか。始原菌という言い方はほとんどされないというのが私の実感で、上にあげたように辞書や分子生物学会の発表などで見かけないという調査結果はこの実感と一致します。もちろん他の方は全く違う感想を持っておられるかもしれないので、多数の方々の意見を積み重ねるしかなさそうですね。--R-typer 2008年6月4日 (水) 10:33 (UTC)

では、とりあえずは現状維持ということで。何かありましたらR-typerさん編集お願いします。名称以外の箇所でも気が付かれたことがありましたら、どんどん修正かけてください。出典はなるべく付けるようにはしているのですが、あまりに大きな記事になってしまって正確性に自信が持てなくなってしまっているので。--Crion 2008年6月6日 (金) 09:21 (UTC)

はい。ご協力できるところがあればそうさせていただきますが、しかしこれだけ大部になりますとむしろこちらが勉強させていただいているところがほとんどです。次回はもう少し慎重に参加させていただきます。--R-typer 2008年6月9日 (月) 12:18 (UTC)

昔のことなのでうろ覚えですが、始原菌という呼び方が提唱されたのは英語の「Archae-」を日本語にどう訳すかというところから始まったものと記憶しています。ただその頃既に、古細菌は古くない、つまり祖先細菌に近い系統ではないことがわかっており、「始原」という訳語を当てることは誤解をまねくということで使う人が増えなかったのだったと思います。ある専門家との雑談では、「古細菌」も本当は良い用語ではないから、カタカナでアーキアにしてしまった方が誤解されにくいと話していました。

ということで、今は日本語の呼称が決まるまでの過渡期にあるのではないでしょうか。個人的な考えでは、始原菌という呼び方はリダイレクトにし、本文の中ではそういう呼び方もあるという程度の扱いでいいと思います。--Salix 2008年6月3日 (火) 16:20 (UTC)

私の記憶では、WoeseがArchaeaに名前を変えたのだから日本語もそれに対応して変更すべきとか、Archaeaは「細菌」ではないから古細菌と呼ぶのは不適当とか、そんな論点もあったような気がします。かなり前の学術誌か何かに載っていてコピーを所持していたはずですが、簡単に掘り出せそうにありません。問題回避のために仕方なくアーキアを使うことは多いようですが、いかにも不自然でかえって問題を浮き立たせていますね。

始原菌から古細菌へのリダイレクトはすでに設定されているようです。--R-typer 2008年6月4日 (水) 10:33 (UTC)

medical bacteriology/microbiologyの方が専門に近いものですが、いくらか手元の資料を調べたところ、日本細菌学会選定の『微生物学用語集』（南山堂、2007）に、Archaea (archaebacteria)の訳語として「古細菌、始原細菌」という記載があるのを確認しました。なお『戸田新細菌学』（改訂33版）、『ブラック微生物学』（2版）、『細胞の分子生物学』（4版）については、古細菌もしくはアーキアのみで、始原菌、始原細菌ともにありませんでした。最初に述べた『微生物学用語集』は、真正細菌の学名のカナ表記が網羅的に記載されていることもあって、私が真正細菌の記事をウィキペディア上に書く際には重要視しているものの一つです。ただし、もちろん日本細菌学会は、ArchaeologyよりもBacteriologyに大きなウェイトをおいている学会なので、あくまで参考となる知見の一つとして、提示するに止めます。 --Y tambe 2008年6月4日 (水) 10:57 (UTC)

「始原細菌」は、そんな呼び方もあったような気もしますが、何かの勘違いでしょうか。私も、岩波の生物学辞典、東京化学同人の生化学辞典、その他専門書や一般的な教科書を改めてざっとめくってみましたが、「標準は古細菌、時折アーキア」といった感じで、やはり他の名称は見当たりませんでした。--R-typer 2008年6月9日 (月) 12:18 (UTC)

古細菌が古くないかどうかはまだ決着はしていない気がします。ただ、始原菌、後生細菌どころか古細菌、アーキアすら誤解を受けやすい名前なので、難しいところですね（私もアーキアと言ってますが）。そういえばMendosicutesなんて分類名もありましたっけ。--Crion 2008年6月6日 (金) 09:21 (UTC)

中国語では「古菌」という名称が提案されているそうですが、これを日本語版でも使う案はありませんか。 井上このはる（会話） 2016年9月15日 (木) 17:53 (UTC)

反対 日本語版の項目名に日本語で使われていない名称を使うことは有り得ないと思います。参考までに、J-GLOBAL（科学技術用語集）には、古菌・始原菌・始原細菌は登録されておらず、アーキア・原始細菌・原始バクテリアは古細菌の同義語として登録されており、後生細菌は metabacteruium の訳語として登録されているようです。 -- ktns（会話） 2016年9月16日 (金) 07:57 (UTC)

わかりました。提案を却下します。--井上このはる（会話） 2016年9月17日 (土) 23:40 (UTC)

失礼しました。上記の提案を取り下げます。--井上このはる（会話） 2016年9月18日 (日) 09:07 (UTC)