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函館本線（旭川～札幌 - 小樽～長万部 - 長万部～函館）- 室蘭本線・千歳線 - 青函連絡列車 - 宗谷本線・天北線 - 石北本線 - 根室本線（夜行） - 釧網本線
東北本線（青函連絡・青森以南 - 東京～東北 - 東北都市間） - 奥羽本線昼行（福島～秋田 - 秋田～弘前～青森 - 弘前～青森）- 羽越本線・奥羽本線夜行 - 磐越西線 - 米坂線 - 大船渡線 - 北上線 - 釜石線 - 山田線 - 田沢湖線 - 花輪線 - 五能線（定期 - 臨時）- 大湊線
信越本線（長野以南 - 長野以北）- 上越線（首都圏～新潟 - 首都圏～越後湯沢以南）- 羽越本線（昼行）
名古屋方面 - 大阪方面（夜行急行） - 奈良・紀伊半島方面 - 山陰地方方面 - 山陽・九州方面（福岡県以東 - 鹿児島本線夜行 - 長崎本線夜行 - 日豊本線夜行）
中央東線・青梅線（東京～長野県内方面 - 甲府以東 - 富士急行線直通 - 都内完結 - 夜行）- 吾妻線 - 両毛線（臨時） - 東北本線（宇都宮線区間） - 日光線 - 常磐線（昼行） - 成田線・鹿島線 - 総武本線 - 外房線 - 内房線 - 首都圏〜鎌倉 - 首都圏～湘南・伊豆
東海道本線（夜行普通） - 御殿場線 - 身延線 - 飯田線（飯田以南 - 飯田以北） - 中央西線（昼行 - 臨時快速 - 夜行）- 紀勢本線（新宮以東） - 高山本線（名鉄直通）
東京方面（夜行） - 名古屋方面 - 大阪方面（夜行） - 金沢～新潟 - 日本海縦貫線（夜行） - 七尾線・のと鉄道線 - 小浜線経由
山陰方面（鳥取県西部方面 - 夜行） - 九州方面（鹿児島本線夜行 - 長崎本線夜行 - 日豊本線夜行）
関西本線経由 - 紀勢本線（阪和線経由 - 南海直通）- 山陰本線（京都駅発着 - 余部橋梁） - 福知山線（天橋立方面） - 播但線
山陽本線 - 山陰本線（山陰都市間昼行 - 益田以西観光列車）- 岡山～鳥取 - 伯備線 - 呉線 - 芸備線・木次線 - 山口線 - 山陰～九州
予讃線 - 土讃線 - 高徳線 - 徳島線 - 牟岐線 - 宇野線・瀬戸大橋線
鹿児島本線（昼行） - 長崎本線（昼行） - 佐世保線 - 大村線 - 日豊本線昼行（博多～宮崎 - 延岡～宮崎 - 宮崎～鹿児島中央） - 久大本線 - 豊肥本線 - 三角線 - 肥薩線 - 指宿枕崎線
小田急電鉄（小田原線 - 江ノ島線 - 御殿場線直通）- 西武鉄道 - 東武鉄道（日光線特急 - 日光線急行・快速 - 宇都宮線 - 伊勢崎線 - 野田線 - JR直通 - 夜行）- 京成電鉄 - 名古屋鉄道 - 近畿日本鉄道 - 南海電気鉄道（南海本線 - 高野線 - 紀勢本線直通）
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