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運転系統 ： 東海道線 - 横須賀線 - 湘南新宿ライン - 上野東京ライン - 京浜東北線 - 山手線 - 相鉄線直通支線 ： 品鶴線貨物線 ： 芝浦線（廃止） - 東京市場線（廃止） - 東海道貨物線 - 高島線
静岡地区 - 名古屋地区 - 垂井線支線 ： 美濃赤坂線 - 新垂井線貨物線 ： 沼津港線（廃止）- 古渡線（廃止） - 名古屋港線（廃止）- 西名古屋港線（名臨高に移管） - 南方貨物線（未成） - 稲沢線
琵琶湖線 - JR京都線 - JR神戸線 / 京阪神快速 - 京阪神緩行線貨物線 ： 浜大津線（廃止） - 山陰連絡線（廃止） - 京都市場線（廃止） - 北方貨物線 - 梅田貨物線 - 大阪貨物ターミナル線 - 尼崎市場線（廃止） - 神戸臨港線（廃止）
旧東海道本線 ： 根岸線（横浜・桜木町間） - 御殿場線 - 奈良線（稲荷・京都間） - 清水港線（旧貨物線、廃止）- 阪急京都本線・千里線（吹田・淡路・南方間）新幹線 ： 東海道新幹線 - 山陽新幹線（新大阪・新神戸間）その他の路線 ： 横須賀線（大船・横須賀間） - 武豊線 - 大津線（廃止） - JR東西線(線増扱い) - その他東海道線に含まれる路線
東海道線〈東海道本線〉 - 横須賀・総武線（快速）〈横須賀線〉 - 京浜東北線・根岸線 - 横浜線* - 南武線* - 鶴見線 - 山手線 - 中央線（快速） - 青梅線 - 五日市線 - 中央・総武線（各駅停車） - 宇都宮線〈東北本線〉 - 高崎線 - 埼京線〈一部区間赤羽線〉 - 常磐線（快速） - 常磐線（各駅停車） - 京葉線* - 武蔵野線* - 湘南新宿ライン - ■上野東京ライン - 相鉄線直通（*印は「東京メガループ」）
■■川越線 - ■相模線 - ■八高線 - 伊東線 - ■常磐線 - 中央本線 - ■篠ノ井線 - ■小海線
■ 総武本線 - ■成田線 - ■鹿島線 - ■外房線 - ■東金線 - ■内房線 - ■久留里線
■八高線 - ■信越本線 - ■上越線 - ■吾妻線 - ■両毛線 - ■水戸線 - ■日光線 - ■烏山線
羽田空港アクセス線
北陸本線 - 琵琶湖線 - JR京都線 - JR神戸線（東海道本線）- 山陽本線 - 赤穂線 - 湖西線 - 草津線 - 奈良線 - 嵯峨野線 - 山陰本線 - おおさか東線 - JR宝塚線・福知山線 - JR東西線 - 学研都市線（片町線） - 加古川線 - 播但線 - 姫新線 - 舞鶴線
大阪環状線 - JRゆめ咲線（桜島線） - 大和路線（関西本線） - 阪和線 - 関西空港線 - 和歌山線 - 万葉まほろば線（桜井線） - 関西本線 - きのくに線（紀勢本線）
中央線 (名古屋地区) 関西線 (名古屋地区) シティ電車
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