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| 小笠原長房 | |||||||||||
| 長種 | 長久 | ||||||||||
小笠原氏系図（中世以前・信濃小笠原）
凡例 1) 実線は実子、点線は養子[注釈 1]。 2) 太字は府中小笠原氏（深志小笠原氏）当主。数字は家督継承順。 3) 遠光以前の系図は加賀美氏を参照。
| 加賀美遠光 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 秋山光朝 秋山氏祖 | 小笠原長清1 小笠原氏祖 | 南部光行 南部氏祖 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長経2 | 伴野時長 | 大井朝光 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長忠3 | 長房 阿波・石見小笠原祖 | 赤沢清経 赤沢氏祖 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長政4 | 長冬 | 経忠 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長氏5 | 長朝 | 長直 | 長廉 | 長義 | 長数 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 宗長6 | 長頼 | 泰氏 | 長綱 | 丸毛兼頼 | 山中政宗 | 常葉光宗 | 赤沢長興 | 津毛経氏 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 貞宗7 | 貞長 京都小笠原 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 政長8 | 宗政 | 長高 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長基9 | 長興 | 氏長 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長将10 | 長秀11 | 政康 | 満長 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 持長12 府中小笠原 | 宗康 鈴岡小笠原 | 光康 松尾小笠原 | 持長 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 清宗13 | 政秀 | 家長 | 持清 | 元長 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長朝14 | 定基 | 政清 | 允康 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 貞朝15 | 貞忠 | 尚清 | 元続 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長高 遠江小笠原 | 長棟16 | 信貴 | 稙盛 | 康広 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 春義 | 長時17 | 信定 | 洞雪斎 | 信嶺 本庄藩初代藩主 | 長巨 | 秀清 | 長房 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 氏興 | 義頼 | 長隆 | 貞次 | 貞慶18 | 長元 | 長真 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 信興 | 貞頼 | 秀政19 小笠原松本藩初代藩主 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
忠真系小笠原氏系図（小倉・小倉新田藩）
凡例 1) 実線は実子、点線は養子[注釈 2]。 2) 太字は藩主。数字は家督継承順。
| 秀政19 小笠原松本藩初代藩主 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 忠脩 | 忠真20 小笠原小倉藩初代藩主 | 忠知 小笠原三河吉田藩初代藩主 | 松平重直 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| （忠脩系小笠原氏系図へ） | 長安 | 長宣 | 忠雄21 | 真方 小倉新田藩初代藩主 | （忠知系小笠原氏系図へ） | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 忠基22 | 貞通 | 貞通 忠雄の三男、小倉新田藩2代藩主 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 忠貞 | 長逵 安志藩2代藩主 | 忠総23 | 定政 | 貞顕 小倉新田藩3代藩主 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長為 安志藩3代藩主 | 忠苗 | 忠苗24 長逵の三男 | 貞温 小倉新田藩4代藩主 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 忠固 | 長禎 安志藩4代藩主 | 忠固25 長為の長男 | 貞哲 小倉新田藩5代藩主 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長武 安志藩5代藩主 | 忠徴26 | 貞謙 小倉新田藩6代藩主 | 貞寧 小倉新田藩8代藩主 | 貞嘉 小倉新田藩7代藩主 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 貞幹 安志藩6代藩主 | 忠嘉27 貞哲の四男 | 貞正 小倉新田〔千束〕藩9代藩主 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 忠幹28 長武の次男 | 貞規 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 貞孚 安志藩7代藩主 | 忠忱29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長幹30 | 長丕 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 忠春31 | 忠幸 | 忠統31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 長保 | 長雅32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
忠脩系小笠原氏系図（中津・安志藩）
忠知系小笠原氏系図（吉田・岩槻・掛川・棚倉・唐津藩）
信嶺系小笠原氏系図（本庄・古河・関宿・勝山藩）